玉、石器主要堆积在东北角，尤其是玉璋和戈，在出土的器物上都有被火烧烟熏的痕迹。许多变形、残损的铜器、玉石器，除一部分是由于在填土过程中打夯挤压所致外，有的是被火烧坏。还有大部分是入坑前当时人们在进行某种活动时而损毁。如有的铜器一侧或一端烧变形呈半熔化状态;有的玉石器被打碎，出土时残断部分位于坑内不同部位，有的甚至分为五处;有的拆为两段而重迭在一起;有的端刃或柄残断了，发掘时将填土进行筛过，也未发现残缺部分。这显然是器物在入坑前就残损了。那么，为什么人们要将一件件国之重器先破坏再埋掉逦?
两个藏物坑不是同时填埋的，据C14测定，一号坑早于二号坑100年左右，但是，两个坑的距离只有20多米，两坑方向大体一致，若以一号坑倾倒器物的中央坑道为主方向，则一号坑为北偏西45?，二号坑为北偏西55?，均对向西北方的高山。
将出土青铜器进行检测，在所有的样品中均未发现锌的存在。自然界中单一的铅矿很少，铅和锌往往是伴生在一起的，冶炼铅常用的矿石也称为铅锌矿。因此在使用了铅的合金中，往往都会发现微量锌的存在。在三星堆青铜器的成分分析结果是：微量锌是不存在的，在全部样品中未发现锌的踪痕。这表明：蜀人使用来冶炼青铜的铅矿可能不是通常使用的铅锌矿，而是无锌伴生的铅矿，这与同一时期中原地区冶炼青铜的原料之一———铅矿的产地是不相同的。但这样的铅矿在四川没有被发现，古蜀人如何能得到它?
三星堆文明又为何突然从成都平原消失?对于这座东方巨城突然消失的原因，专家们认为，三星堆毁于一场大洪水。从三星堆古城布局看，当时的三星堆很像今天的成都，北邻鸭子河，马牧河由西而东贯穿全城，三星堆的古蜀先民“择水而居”的理念成就了它的繁荣也埋下了巨大的隐患。
对于这些问题，其实我们第一次从后主的陵墓里拿到那只金蚕的时候，我和南新已经在讨论了，一直到了抚仙湖底的海底城邦，对于古蜀文化的研究和分析我们也算是做了很大的努力，但是后来发生的事情太多，我们对于这件事的研究便开始停滞不前。但是我心里一直相信，我们所有的问题源头应该跟四川古蜀文化，也就是蚕丛文化有着密切的关系，或者说故事的起源就来自那里。