此段记述没有提及洪述祖，但据《亚细亚日报》载：唐绍仪以和议至沪，洪以旧识，日造唐之门献策，唐颇采纳。[121]与赵凤昌、洪述祖均极为熟识的刘厚生在《张謇传记》里亦写道：唐绍仪在上海议和时，赵凤昌参与机密，述祖常至凤昌家中，效奔走之劳。[122]可知洪述祖亦南下参与了和谈。之前洪便参与赵、唐之间的秘密联络，此时又参与和谈，亦是可以想见之事。
南北议和结束，袁世凯就任临时大总统后，唐绍仪任国务总理，向内务总长赵秉钧推荐洪述祖任秘书。而据洪述祖1917年在上海租界会审公廨所供，他1912年上半载在前总统袁世凯处为随员，下半年在内务部为秘书。[123]又供称：内务部共有秘书官四人，职任并无大小，同于是年六月十四日接到命令，其时我尚兼充总统府内务部顾问。[124]1918年接受京师高等审判厅讯问时，洪述祖再次提到，他从南方回到北京后，系经袁总统介绍，令其为内务部秘书，并委为总统府顾问。[125]总统府聘请顾问都是有记载的，但从目前所见资料看，尚未发现聘请洪述祖为总统府顾问的可靠记载。因此，洪述祖所谓袁世凯委其为总统府顾问，很可能并非正式委任，而是其凭借私人关系常为袁世凯出谋划策，而这恰恰反映了袁、洪关系非同一般。1913年2月，洪述祖蒙大总统特予三等嘉禾章，为各部秘书中之最著特色者，诚以洪劳苦功高，独著勋绩，非其他各部秘书所可比拟也。[126]按《勋章令》规定，大勋章为大总统所佩戴，大勋章以下为嘉禾章，分一至九等，授予有勋劳于国家者，或有功绩于学问及事业者。[127]各部秘书人数众多，洪述祖是唯一被授予三等嘉禾章者，足见其地位非普通秘书可比。
袁、洪特殊关系的一个重要表现，就是洪述祖一方面担任内务部秘书，另一方面又肩负着替袁世凯秘密监视内务总长赵秉钧之责任。一般均将赵秉钧视为袁世凯亲信，但据刘厚生讲，南北议和期间，袁世凯因为警察首领赵秉钧未能事先防范而导致他在东安门被炸弹袭击，加之他怀疑赵秉钧思想上忠于清室，恐不能按其意旨行事，故而对赵秉钧并不十分信任，于是就任临时大总统后另组特务机构，分为若干小组，洪述祖便是组长之一，负有监视赵秉钧之使命。[128]在《张謇传记》中，刘厚生写道：
世凯做了临时总统之后，自己另外组织特务机构，化整为零，成为若干组，每组八人至十人，或五、六人不等，均由自己直接指挥。并命令其中每一个组长，暗中监察赵秉钧本人及其所管辖各特务之举动与行为，秘密报告。至于在北京、天津之官吏与军人，亦在世凯直接指挥特务监察范围之内。所以主持暗杀宋教仁之指挥者洪述祖，即是世凯部下小组组长之一。[129]
刘厚生又写道：据我所知，袁世凯自任总统后，即招募许多特务人才，组织特务小组二十余个单位，都由世凯自己指挥，其中颇有原在赵秉钧部下当差的人物。洪述祖或者走别的路子，投到此二十个小组之中，做了一个组长。[130]此种内幕，虽然仅见于刘厚生之记述，但刘与当时南北政界人物多有接触，且与洪述祖亦很熟悉，因此不能完全以空穴来风视之。除刘厚生所述外，袁世凯对赵秉钧产生戒备心理更为重要的原因，当与清末民初政治的剧烈演变息息相关。袁任直隶总督时期，赵是助其办理警政的得力干将；武昌起义后，清廷被迫起用袁担任内阁总理大臣，赵受命担任民政部首领，彼时的赵秉钧，毫无疑问也是袁的心腹人物。但随着民国建立，党派林立，各党各派的角逐较之清末更加公开激烈，身为临时大总统的袁世凯，在羽翼未丰之前，需要谨慎应对复杂局面。赵秉钧性格圆滑周至，颇能周旋于各方势力之间，因此，袁世凯很需要他来充当场面人物，但同时袁对他也就不可能再像往日那样放心。特别是赵秉钧加入了同盟会（后改组为国民党）这个对袁独揽大权构成最大威胁的政党，[131]这就使袁对其不能不加以戒备，安插洪述祖在内务部监视赵秉钧，也就不足为怪了。准确把握袁、赵、洪三人的微妙关系，对于判断各人与宋案可能的牵连程度甚为重要。