可奈何，朝廷把淮南交給杜伏威，杜伏威在江淮畢竟打拼多年，對於非嫡繫心腹的李子通本來就沒有什麼好感，更何況李子通歸附之前也跟杜伏威打過好幾仗，甚至還占了杜伏威不少便宜。
杜伏威外號江淮之王，但人畢竟也很年輕，二十來歲的人，早幾年在江淮一帶也不是那麼順利的，敗仗沒少打。如今得鎮一方，這性子不可能如老將一樣穩重，對自己的嫡繫心腹自然是大力提拔，對以前的一些對手，如隋朝的地方官員將領也會給些小鞋穿，至於如李子通這樣草賊出身，又曾數次擊敗自己的人，更不會有會很好臉以。
而李子通這人年少時也是貧困出身，靠漁獵為生，為人樂善好施，以前居住鄉里，看到頭髮花白的老人提攜重物，必定代為效勞。家有餘財，則周濟別人。可是他也有一個缺點，那就是為人心胸比較狹隘，就是氣量較少，也很耿直，眼裡容不得沙子，心裡藏不住氣。
杜伏威百般刁難他，他便容忍不下。
兩邊的關係越搞越僵。
恰逢朝中出了王君廓謀反一事，雖說杜伏威並沒有同謀，可畢竟牽連到他，哪怕皇帝事後給他寫了封親筆信，說一如繼往的信任他，依然把淮南交給他鎮守。可哪怕皇帝是他大舅哥，是追隨多年的好兄弟，杜伏威心裡也還是總不得勁。
他就想著怎麼好好表現一下，以證明自己對皇帝的忠誠。
如何表現呢？杜伏威打算找個機會打過長江去，把江南重鎮丹陽江寧拿下。為此，他不顧朝廷的大戰略，四下準備，因為向來看李子通不爽，所以他準備讓李子通率部打前鋒，又讓身為江都郡丞的李子通籌集船隻錢糧，並定了很短的期限，若是到期完不成，就要軍法處置。
任務很重，關鍵是下面很多人都故意不配合，擺明了就要是看李子通受罰。
眼看著事情難辦，李子通也忍不了了，跟幾個老兄弟一商量，乾脆反了吧。
於是乎，李子通便暗中謀劃。
在一個夜黑風高的夜晚，李子通帶著心腹們率領家丁部曲，突襲了前來江都巡察的杜伏威。
杜伏威重傷落馬，幸虧得皇帝義子王雄誕拼死救起，背著他逃入蘆葦盪中，才逃過一劫。
李子通雖沒能斬殺杜伏威，可卻也一炮打響，杜伏威重傷逃走後，他率部迅速搶奪江都城，然後召集舊部，一時聲勢大振。
李子通擁眾兩萬餘，在江都城乾脆打起旗號，自稱越王。
然後他把自己一個兒子送到江南沈法興那裡為質，與他結盟，共同抗秦。沈法興得了李子通的兒子為質，很快派出自己兒子沈綸率兵五萬過江，與李子通一起聯軍攻打淮南的杜伏威軍。
李子通盡奪江都郡，又奪鍾離、歷陽兩郡，乾脆即皇帝位，國號越，年號明政。
丹陽賊寇樂伯通也依附李子通，李子通於是又得丹陽賊萬餘人。