在日军疯狂的攻势被压制之后不久，中国军事专家研究出歼灭日军的方案并在反日阵营军事会议上公布。世界大部分国家决定以联合国的名义结成联盟，组建联合国军反动对日反攻。
轩辕帝国也决定进行反击。曹骖指示刘也重建的刘家军先用几幢“巨型建筑”收复了所有的“诸侯国”、火山土区(受到宇宙辐射冲击波能攻击的地方，因受灾之后面前赤土百里，酷似火山爆发后覆盖着火山灰的地区，故名)和部分海域。
刘也夺回诸侯国后，不再按曹骖的部署进军，而是采取绕道突袭的方法歼敌，重挫其主力。曹骖面对治军严谨、不畏权威的刘也，气得去找皇尊诉苦，说刘也重新打游击，是历史的倒退。周思董认为这种打法虽然前进缓慢，却能有效歼敌，遂支持刘也。刘也初战告捷，之后小败，诱敌深入，与鲁顺天、天启长老等部夹击日军。最激烈的一战中，日军为扭转局势，再次动用战碟发射宇宙辐射冲击波能进行毁灭性攻击，刘家军前进受阻，副参谋长哈里率军来援，周思董也亲往前线督战。日军集中火力射击周思董，哈里为了护驾而阵亡。
从此，日军兵力大减，装备失精，再无力远涉重洋攻击轩辕帝国，只余东线兵力在攻打美洲。周思董在众谋士的建议下派大军以援美之名进驻美洲。
各国风起云涌反攻，终于从四面包围了日本岛，邀请轩辕帝国一同登岛作战。轩辕帝国首相曹骖以“国内已和平，应先遵循民意，以重建家园为第一要务”为由，宣布暂不参与对日的登陆清剿。实际原因却是周思董担心进攻日本岛时日本天皇的后台、“战神”飞碟的提供者——那疑似外星人的生物会现身，突然发难。以人类目前的实力，是万难招架的。他不忍用一手创建的血焰军团冒这个险。后来的事实证明周思董的担心是多疑的，直到日本最后战败，他预想中的“最强敌人”也没有出现。
中、美、俄以及耶.穆罕默德率领的真主公国等国军队猛攻日本岛，日节节败退。胜利前夕各参战国召开大会，讨论如何处置战后日本的问题，发生了严重分歧。以美国为首的西方国家主张瓜分，以中国为首的第三世界国家主张改造。一时双方陷入僵持，未能及时攻占日首都，中美关系再度紧张。
而此时，曹骖又对外宣称：“轩辕帝国在几年之内有超过一百万的人口丧生于日军的屠刀之下，就算我们不反攻人民也不同意，民意难违啊。”指使血焰军团紧随各国之后，参与了对日的分区占领行动。
由于中美俄等国已付出巨大代价攻上日本土，轩辕帝国是跟在后面分享战果，因此人们纷纷抗议轩辕帝国的狡诈行径。而且曹骖每次都以民意为借口定夺决策，更是招来谴责声一片。就连周思董，也不得不为曹骖舍人为己的奸雄本色和高度的政治智慧所折服，自叹不如。
占领日本外缘后，2047年5月31日晨，反日阵营几千万大军对日本首都发动总攻。联合国军的几位领袖临场指挥，士气十足，激战半天，从多个方向逼近东京。
轩军在最后关头表现积极，乘胜进击，猛烈攻城，日军还来不及退守下一层壁垒就全线崩溃，逃入城内打巷战。日复派战碟出战，曹骖指挥军队遥控“巨型建筑”与之相撞，牺牲了几幢“巨型建筑”后终于予以摧毁。
顽强抵抗的日军终于溃败，东京沦陷。
日出时分，联合作战的各国部队举行入城仪式。周思董、宇生、里约、耶.穆罕默德等几个大国的军队统帅在各自士兵的簇拥下，跃马扬刀开入东京市。