张居正回乡葬父，申时行得以入阁，在张居正死后没被牵连，在张四维回乡之后接任了内阁首辅，也没有被万历皇帝厌恶。
申时行如果不是最后自己辞官，估计还能在首辅的位置上呆很多年。
事情发生在万历皇帝夺嫡事件上，工部主事张有德上疏，请订立册封仪式。万历皇帝大怒，诏令册立之事延期一年。
内阁中也有疏上奏，请准备册立之事。当时，申时行适逢休假，主持内阁事务的许国出于对申时行的尊敬，上疏署名，把他列在首位。
申时行闻知，密上一疏，说：“臣正在度假，那道奏疏实与臣无关。册立一事，圣意已定。张有德愚笨不谙大事，皇上自可决断册立之事，不要因一些小人鼓噪而影响大典。”
这道密疏很快便传了出来，群臣们见申时行首鼠两端，大为气愤。
给事中黄大效上疏，弹劾申时行表面上赞同群臣立朱常洛为皇储的建议，背地里却迎合皇上的心意，拖延册立一事，以邀皇恩。
内阁中书黄正宾上疏，弹劾申时行排挤、陷害同僚。结果，黄大城、黄正宾两人被罢官。
然而，高压政策未能使大臣们退缩，御史邹德泳再次上疏，指斥申时行首鼠两端。申时行见群臣激愤，担心大祸临头，遂上疏辞官。
这件事情朱翊钧是有记忆的，前世朱翊钧还研究过申时行和张四维。
朱翊钧发现这两个人颇有相似之处，说他们识时务也好，说他们是真正的“官”也好，但是两个人的处世之道是有相似的地方的。
现在看来，申时行还真有点这个意思。
自从自己亲政以来，从来没想过换掉申时行这个内阁首辅，现在想起来还真是挺难得的。从心里面，朱翊钧觉得自己都应该给申时行点个赞了。
干的漂亮啊！
公事上说，他能够调理阴阳，处理好所有大事小事，从来不让自己操心，表现堪称完美。在自己要做的事情上，申时行一直都能够给与足够的支持。
调理所有大臣，使得自己的政策能够推行下去。
从个人的品行上来说，不贪污，不弄权，不似严嵩，也没有严世藩那样的儿子。这申时行真的是堪称典范了，朱翊钧倒是觉得申时行要是能干的这么好，那就不如让他一直干下去。
至少在自己完成改革之前，不能让他走，谁知道下一个首辅大学士是什么德行。
崇祯皇帝换了那么多内阁大学士都没找到一个合拍的，自己找到这么一个不容易啊！况且申时行现在还年轻，多干几年也没什么问题。
见朱翊钧盯着自己看，申时行虽然没什么表现，可是心里面却打了鼓，难道自己马屁拍在马腿上了？
“行了，没什么事情爱卿就去安排吧！”朱翊钧回过神之后，对着申时行摆了摆手。