菲布理是人造物体。美琴从青蛙脸医生口中得知惊人的事实。菲布理出院时，美琴遇见在同一间医院疗养的御坂妹，得知菲布理可能和布束有关。美琴原本打算和之前一样单独调查，但听过婚后的一席话，决定向朋友们说出事实，同心协力拯救菲布理。
美琴和昔日对手泰列丝缇娜见面了！在美琴的坚持之下，泰列丝缇娜终于透露些许情报，众人也同心协力查出study corporation这间公司很可疑。为了找出相关人员直接问情报，美琴甚至冒险潜入该公司的相关工厂，而且在那里遇见意料之外的人…？
被捕的美琴，从当事人有富口中得知“chemicaloid计划”，并且在朋友的协助之下脱离困境。依照各方收集的情报，确定对方将在学究会当天，由菲布理的姐姐珍妮操纵两万具驱动铠甲，发动一场恐怖攻击…。
风纪委员吸引两万具驱动铠的注意力，美琴和菲布理深入敌阵核心。菲布理剩下最后一颗糖了，而会使用“原子崩坏”的机器人就挡在面前，让整座学园都市也顿时陷入毁灭之境，所有危机，一触即发，众人将如何克服最后的难关？