把御天敌和五个能量柱带回地球后，擎天柱用领导模块重启了御天敌，之后又放回自己体内。
原来，那些能量柱是“空间桥”的一部分，共有上百个，现在都不知散落何处。
米樱局长开始赶山姆回家，山姆靠自己分析推导，得出霸天虎正在利用人类做什么，但没人听他的分析，于是他决定找退休探员西蒙帮他调查。
卡莉很不高兴，她抱怨山姆又想拯救世界了。两人吵了一场，分手了。卡莉一人去了老板迪兰的聚会。西蒙把过去的经历写成了一本畅销书，现在过得很惬意，但他还是很快答应了山姆的请求。
两人先去找当年登月的宇航员，他们深信这些人一定知道内情，但都被政府下达了封嘴令。老宇航员们向山姆他们展示了一些当年拍摄的月球背面照片，原来那里有许许多多的能量柱。山姆立刻意识到霸天虎一直都知道“空间桥”的事情，他们是在利用擎天柱激活御天敌，因为御天敌是拼接空间桥的关键，他们得保护好他。
中间，狂派的恐惧战队跟博派进行了追逐战，铁皮和横炮成功解决他们。可御天敌叛变了，他杀死了铁皮，用腐蚀性酸枪把他熔化了，并带着能量柱跑了。
原来，御天敌认为汽车人永远不可能取胜，所以他和威震天结盟，认为这样可以迅速实现和平。当初他开着飞船是要前往地球与威震天会面，但两人都遭到狡猾的红蜘蛛的伏击，一个撞到了月球，另一个栽在了北极。
现在御天敌与威震天又可以开始他们的宏图大计了，他们唤醒了埋伏在月球上的秘密霸天虎军队，把他们通过“空间桥”传送到地球。
看到如此众多的霸天虎，人类放弃了，把怨气都撒到了汽车人头上，让他们立刻离开地球。汽车人无奈只好准备登上飞船。这时山姆前去迪兰家的聚会想与卡莉和好，谁曾想，在帮助霸天虎的人类中，迪兰是最大的头头。他绑架了卡莉，并逼山姆做间谍，提供汽车人的情报，看看他们是否在计划反攻。
他还派了一个霸天虎机器人跟在山姆身边，记录山姆及其周围人的言行，如果山姆违抗，卡莉就会死。山姆去找了擎天柱和汽车人，问他们有何打算，擎天柱说他们没有打算，只会默默地离开，他们就这么走了，飞船在半空中被红蜘蛛打落。
汽车人似乎已经全军覆没。
山姆只好向转行到基地工作的前军官Epps求助，求他帮自己追踪迪兰、救出卡莉。经过一番跟踪，他们发现迪兰他们在芝加哥，于是萨姆还有Epps以及后者的军中战友一起也去了芝加哥。
芝加哥此时已经变成霸天虎的乐园，好在大部分的人类幸存者已经离开。正当Epps、山姆他们认为没有希望的时候，汽车人突然出现!原来一切都是计划好的，他们在飞船爆炸前已经偷偷逃出了飞船。这时的御天敌和威震天正计划再次开启空间桥。