核弹爆炸的冲击波波及到了飞机，艾丽斯为了保护安吉拉，身受重伤，其他人成功逃离。
2小时之后安布雷拉公司在郊区找到了飞机残骸，并把艾丽斯带回实验室，成功的恢复了艾丽斯体力、智力、记忆和能力。
这时的艾丽斯已经拥有了超自然的能力了。卡洛斯等人成功混进安布雷拉基地并把艾丽斯带了出去。
安布雷拉公司以为能够控制病毒的扩散。但是他们错了，浣熊市的命运只是一个启示。
几个星期后，病毒扩散到整个北美，几个月后占据了整个世界。
病毒不仅吞噬了人类文明，而且河流、湖泊干涸森林变成了沙漠，地球毁灭只是一个时间问题。
克莱尔组建了一只护卫队，这只护卫队不停的广播无线电希望有人来找他们，以获得保护。
由于艾丽斯之前有过一次上当受骗的经历，就没有去找这只护卫队。
活下来的人类在沙漠上漂泊着，到处寻找食物和汽油，安布雷拉公司的各国总部都躲在地底之下，继续着他们的研究。
科研小组组长埃塞克博士，向各国总部报告，即使在没有食物的情况下，地面丧尸至少还可以存活几十年。
他发现艾丽斯的血液中的抗体不仅可以对抗T病毒，更有可能逆转病毒的效果，最后达到驯化丧尸的效果。
但是由于缺少艾丽斯的母体实验变得很困难，埃塞克博士不得不用克隆基因模型将她复制过程费力，而且结果很难预测。
地面上，卡莱尔的护卫队在公路旁边的沙漠找到了一所房子，并想在此度过一个晚上。
L。J和卡洛斯进去确认安全L。J被2只丧尸袭击，并被咬伤，及时赶到的卡洛斯救了他。
卡洛斯并没发现此时L。J已感染病毒。当天入夜之后，艾丽斯睡觉做梦的时候，身体发出了α和β能量射线。
突然身边的石头和摩托车悬浮了起来，恶梦惊醒，石头和车都从空中坠落了下来，摩托车被摔坏了。
没有了车，艾丽斯只好去找护卫队。
α和β能量射线被二代人工智能计算机探测到了，并向博士报告了情况。
第二天早上护卫队周围出现了鸟，由于长期吃感染病毒的肉它们也被感染了。
由于鸟的数量过多，它们冲破了巴士的前窗玻璃，人们四处逃窜。
有人跑上车顶用火焰枪烧鸟，可是，侧面袭来的鸟将他扑到，火焰枪也随之转动。