斯波克救出了行星上的部分长老，其中包括他的父亲()，但其母亲阿曼达·格雷森()却与行星上的绝大多数人民一同遇难。
尼禄随即航向地球，并向派克逼供出了地球防御系统的指挥码。
在柯克与斯波克为下一步行动激烈争吵后，柯克因其叛变行为而被放逐到了织女四星上。
斯波克下令星舰航向集合点，与舰队中剩余的星舰会合。
在织女四星上，柯克遇到了斯波克大使，他用心灵融合术将未来发生的事告诉了柯克，并坚持要柯克当上进取号的舰长。
在经过一番跋涉后，两人到达了星际舰队的哨站，并在那里遇到了蒙哥马利·斯科特。
斯波克将柯克与斯科特传送到了进取号上。
在舰上，柯克故意激怒斯波克，逼迫他意识到自己的情绪影响到了他的判断力，从而将指挥权转交给了柯克。
斯波克、斯科特与帕维尔·切科夫想出了一个计划，打算在土星的卫星泰坦星背后退出曲速，从而伏击纳拉达号。
随后，柯克与斯波克被传送上了纳拉达号。
当柯克救出派克时，斯波克取回了老斯波克的飞船，毁掉了钻探器并将纳拉达号诱离了地球;然后，斯波克驾驶飞船全力撞向纳拉达号。
进取号及时赶到，在撞击前一刻救出了柯克、派克与斯波克。
撞击后，被点燃的红物质在纳拉达号的甲板上层制造出了一个黑洞。
柯克向尼禄提出了可以援救他们的建议，但罗慕伦人拒绝了他的提议。
随即，纳拉达号毁灭了。但进取号没有遭此命运;船员们射出并引爆了所有的曲速反应核，爆炸产生的冲击波将星舰推离了黑洞。
柯克被提升为进取号的舰长，接替了新任将军派克的职位。
在寻找父亲时，斯波克在机棚遇见了年老的自己;斯波克大使正打算出发去协助剩余的瓦肯人建立新的居住地。
年轻的斯波克告诉年老的自己说，他打算离开星际舰队，去协助瓦肯人重建家园。
然而，斯波克大使却告诉年轻的自己说，柯克需要他们每一人的协助，告诉他应该按照自己的感觉行事。
接受了其建议的斯波克留在了星际舰队，并成为了柯克手下的大副……
之所以选择第十一部，主要是因为第十一部都剧情发生在154年前，根据对穿越之门的分析，穿越进星际迷航世界的认很可能会出现在主要剧情发生的154年前。
所以帝国参谋总部才会选择这一部。
而帝国之所以这么急的原因，其实就隐含在信息中心发给赵辰的情报上。
一般都宇宙崩碎当然不会让星辰帝国驻源位面的属下们关心，可是这一次，他们发现的崩碎现象是连续发生的。
经过他们的观察，在银河系外，出现一个超大星系的崩碎，这个星系估计有五分之四个银河系大小。