尽管宋国在第二次南北大战中又以惨败告终，但宋军最精锐的檀道济军仍出色地发挥了他们的战斗水准，足可以同时对抗北魏两支王牌骑兵部队，也让拓拔焘知道江南尚有高人，从而打消了长驱直入攻进建康的念头。不久黄河流域发生大水，当地百姓几乎全部饿死，不断上涨的水势对骑兵的行军十分不利，反而很适合南方的水军作战。拓拔焘就下令班师回朝，对本次作战有功的诸将都加以重赏，全体参战将士增发十年薪水，又加封崔浩为司徒，长孙道生为司空。长孙道生平常生活节俭，床上铺的毛毯都是上个世纪的。拓拔焘很是感动，为二人作诗表扬，并特别通令嘉奖。长孙道生全部不受，把奖金都发给手下将士。
趁南方发大水之机，北魏又开始新一轮的修养生息发展经济，为下一轮的作战打好基矗在此期间北魏搞出来两个很有意思的发明创造：第一是重新制作了浑天仪，用水作为动力，直径六寸八分，运转刻度已经相当精确。一是所谓的击鼓鸣冤制度，在大堂上设大鼓，百姓有冤情或意见敲敲鼓就可以向上级反映，成为一直延续到清朝的衙门标准配置。
再回头看看战后的宋国。檀道济由于屡次战功，被加封为司空兼江州刺史，成为辅佐两朝跨越五代的元老。他的儿子们个个都有本事，手下大将也很能打，因此很遭刘家的忌恨。王华、王昙首等老臣去世后，靠血统门第或拍马出身的一帮家伙：刘义隆的弟弟刘义康、尚书殷景仁、中领军刘湛等逐渐把持了大权，北魏又专心搞建设，檀道济的军队成天赋闲，说坏话的人越来越多，军队的日子就逐渐难过了。
不久刘义隆生了重病，久治不愈，刘湛就对刘义康说：“陛下一旦归西后，檀道济人心难测，不好说会怎样。”刘义康就把他的话转告了刘义隆，刘义隆急忙命令檀道济入宫讨论这个问题。经过一个月的反复谈话，刘义隆认为檀道济无意谋反，又准备将其遣返回原籍。
刘义康的资历和威望连檀道济的零头都够不着，他可不愿意等哥哥死后把辅政大权白送给外人。就在路上设下埋伏，将檀道济一行十一人全部抓起来秘密处死。杀掉后向社会公布：“檀道济私下结交匪类，提供资金，趁皇帝生病的时候领死士入宫，意图谋反”。
和檀道济一道被杀的，除了他所有的儿子以外，还有跟随檀道济屡立战功被誉为关羽张飞的两名副将。