他是学政，不便干涉地方政务，得知东乡推举士绅进京告状，他心里是赞同的。东乡一案得到川籍御史吴镇的同情，他联络几个京官联名上疏，参劾川督文格。后来，朝廷将挑起这桩案子的直接当事人知县孙定扬、提督李有恒革职，将川督文格调离四川，擢升山东巡抚丁宝桢为四川总督，令丁宝桢视情节轻重处置此案有关人员。这时，张之洞刚好三年学政期满，离川回京。一路上，听到的都是不服朝廷如此办理的民怨，他自己也认为此案处置不当。
丁宝桢到了四川之后，采取息事宁人的态度，将大事化小，小事化了，与东乡冤案一事负有直接责任的人员几乎无人遭到惩罚。东乡县民愤愤不平。
去年，张佩纶得知此事后上了一道奏章，弹劾丁宝桢，请复审东乡一案。朝廷接受张佩纶的意见，委派致仕在京的前两江
总督李宗羲前往四川复查。李宗羲查实后上报朝廷。朝廷再派礼部尚书恩承、吏部侍郎童华为钦差大臣，前往四川复审。朝廷这些举措，张之洞都知道，至于两个钦差大臣人川后的具体情况，他就不清楚了。
杨锐气愤地告诉老师：“恩承、童华一进成都，就被丁宝桢接去住了总督衙门，天天山珍海味招待，又从各戏园子里招来长得漂亮的妹子，给他们唱川戏消遣。成都住厌了，又去峨眉山住了一个月。两个钦差在四川享尽了清福。他们只派了三个随从在臬司方濬颐陪伴下，装模作样地到东乡逛了几天。据说丁宝桢对两个钦差讲，东乡的案子不能翻，翻了，四川今后就收不到钱粮了。还说他这个总督当不了是小事，朝廷缺了四川的钱粮可不得了。两个钦差听了，认为丁宝桢的顾虑是对的，于是维持原判，不准翻案。”
“岂有此理！”张之洞愤慨起来，“丁宝桢怎么变得这样糊涂了。”
丁宝桢原本不是一个糊涂官员，几年前他干了一件震惊天下的大事，使得他名播九域，广受赞扬。
同治八年秋天，慈禧太后打发身边的太监安得海南下江宁、苏州，为大婚在即的同治帝置办衣料。清朝祖制规定太监不得出京城。慈禧一向不把祖制放在眼里，安得海是她的宠奴，她叫安得海出京，表面上是置办大婚衣料，背地里让他摸一摸各省官员对她的忠诚程度。安得海仗着慈禧的宠信，肆无忌惮。他乘坐特制黄龙船，打着金乌赤兔旗，顺着运河招摇南下。沿途官员又惊又怕，纷纷登船拜谒，送上厚礼，安得海一一照收。
丁宝桢时任山东巡抚，山东为安得海必经之省。他得知这一消息后，一面飞章报告朝廷，一面派员在泰安等候，设计软禁安得海一行。安得海不知内里，软禁时仍作威作福，并威胁说如
不放他出去，贻误了采办衣料的大事，这责任要山东省全部承担。丁宝桢不理会他，静等朝廷的旨令。