魏晉玄學，儒學向異教蛻變。漢末的鄭學，總結兩漢經學之功有餘，而開闢新 視野不足。鄭注三《禮》，融會今古，平實雅正；所注《周易》，拾取今文象數之 緒徐，大談交辰，陷於機祥，聖人義理盡失，讀者味若嚼蠟。於是，聰明睿智之士 轉而尋求理論的思辨，魏晉玄學便應運而生了。玄學以《易》、《老》、《莊》為 談資，號稱“三玄”。他們毀棄名教，輕薄禮法，對傳統道德、經學，實為一大解 脫。但援釋道“虛”“無”以釋儒典，窈渺虛空，玄之又玄，大異儒家“修齊治平” 之旨。隨著南北朝政治對立的形成，儒學又分為“南學”、“北學”。南學宗三弼 注《易》、何晏注《論語》，崇尚玄學，簡潔而得其精華；北學守鄭玄經注，質定 名物，繁蕪以窮其枝葉。
隋唐一統，儒學也復歸統一。陳隋之際，陸德明綜合南北訓詁，著《經典釋文》； 唐貞觀年間，孔穎達、賈公彥等奉詔修纂《五經正義》，廣采博稽，南學（玄學） 北學（漢經學），熔為一爐。此後數百年間，士子為學，官府銓選，一是皆以《正 義》為準，儒學在統一的範式中，行使其塑造中國文化的職能。傳統“漢學”的種 種分歧和爭端，也在這裡作了總結。
宋明理學是儒學又一變種，統治中國意識形態的時間最長。理學開端，可追溯 於唐中葉。其時“三教並重”，儒、釋、道競相擴展勢力，逐漸形成合一趨勢。韓 愈從維護儒學道統出發，倡為“性命”、“道統”之傳。柳宗元則倡為儒釋互補之 說。宋承中晚唐革新儒學的潮流，以興儒學、衛道統相標榜，反佛、老而熔佛老， 建立了遺落訓詁、專言義理的新儒學——理學。理學由周敦頤、張載、邵雍開其端， 程穎、程頤揚其波，而以朱熹集大成。降及元明，至於滿清，皆以理學為最高的言 論行為準則，理學統治中國達三四百年之久。其中雖然有洛、閩（主“義理”）與 永嘉（主“功利”）之爭，程（頤）、朱（熹）與陸（九淵）、王（陽明）之別， 但總不出“心、性、氣、理”、“格物”、“致知”的範疇。這一時期，一些理學 家忘卻了孔子化時濟世的傳統，究心於“天理”、“人慾”之際，特別是王學末流， 陷入狂禪之弊，對經濟治理，茫若煙霧。窮理盡性，以理殺人。儒學迂闊之弊，於 此為極。
清代樸學，是對理學空談誤國的反動，也是中國儒學自身發展史上否定之否定 的結果。清初學者以“復古”求解放，家道許（慎）、鄭（玄），世薄程、朱，以 經世致用相標榜，以漢學相號召，以切實為職志。顧（炎武）、黃（宗羲）、顏 （元）、王（夫之），並以求實、切理見稱於時。但隨著民族高壓政策的實施和文 字獄的興起，家有智慧，發而為考據辨章、音韻訓詁，形成了以名物訓詁為特色的 一樸學”風格。樸學盛於乾隆、嘉慶，故又稱“乾嘉學派”。內中又有吳派（主 “博古好古”）、皖派（主“實是求是”）競相爭雄，惠棟、戴震，各領風騷。研 經究典，斐然成章。但是清代樸學總體特徵是重名物而輕義理，為學術而忽實用， 雖整理文獻有徐，而經世先王之志，亦已衰矣！於是莊（存與）劉（逢祿）倡言於 前，龔（自珍）魏（源）響應於後，肆言《春秋公羊》，闡明“微言大義”，積極 入世，企圖重致太平，是為“常州學派”。清代樸學乃東漢古文經學的翻版，是清 代思想學術的主流；至於以西漢今文經學為法的“常州學派”，究屬支流。
降及近代，列強侵逼，在工業文明大潮衝擊下，儒學這道帶著農業社會泥土芳 香的“萬仞宮牆”，土崩瓦解了。面對帝國主義的經濟掠奪和文化侵略，不甘亡國、 亡教、滅種的愛國志士，重張漢幟，再興儒學。廖平、康有為又祭起“《公羊》學” 的亡靈，唱起“興三統、張三世”的老調，企圖重振中華雄風，復庚子國恥的“九 世之仇”。廖、康二人甚至以“主教”自居，欲組建無所不包、無所不有的“孔教” 思想體系，以應付變幻莫測的時代風雲，但削足難以適履，古老的儒學自然難以容 納新式學問，雜糅而成的“孔教”哲學也無法叩開近代社會的大門。廖平屢變其學 也難自適的事實，本身就意味著傳統儒學應該壽終正寢，退出歷史舞台了。
現代新儒學，是在西學東漸形勢下，吸收現代思想資料重建的儒學新流派。 “五四”運動“打倒孔家店”，徹底結束了“儒學獨尊”的歷史。提倡民主，追求 科學。但是偏激士子，糠批傳統，肆言西化，民族虛無，充斥寰宇。不甘失落的中 國學者，如梁漱溟、馮友蘭、熊十力等人，以新思維、新方法、新理論，對傳統儒 學，重加梳理，再作解人，使之注入新的靈魂，煥發新的活力，形成了以弘揚儒學、 復興本土文化為職志的現代新儒家學派。新儒家苦心經營，瀛海內外，呼號奔走， 對東亞儒家文化圈意識的形成，與有力焉。他們斷言，以儒學為特色的中國文化是 人類文化的理想模式，人類文明的出路，端在於中國文化在世界的復甦。日本的成 功，亞洲四小龍的崛起，為他們的斷言提供了佐證。