第一阶段：法国失陷前的德国潜艇战
1939年9月第二次世界大战爆发时，邓尼茨不得不以极少量的潜艇投入战争，而在他看来至少需要有300艘。然而，在大战爆发的第一天，德国的U-30号潜艇用鱼雷击沉了美国的“阿锡尼亚”号定期班船，这明显说明德国企图重新开始进行一场无限制的潜艇战。德国潜艇的这一行动一下子打消了英国海军部在采用护航制度问题上的犹豫不决。8月26日，海军部开始对所有的英国运输船只实行控制，并在“阿锡尼亚”号被击沉之后立即下令，在主要航线上将航速9-14.9节的运输船只组成运输船队。在此航速范围以外的运输船只则单独航行。后来，海军部又将船速为6-7节的船只编为慢速运输船队。由于护航能力有限，对前往直布罗陀和塞拉利昂的运输船队只能在西经15°、北纬47°以内的海域提供近距离护航。在整个战争期间，大西洋东岸的运输船队航行比较顺利，损失只有0.1%。英国与挪威之间的运输船队于10月份开始通航，一直到德军入侵挪威前都未受到损失。在这期间，英国在多佛尔海峡布设的水雷障碍阻止了德国潜艇的通行。
可是，所谓“进攻性”的反潜战和上述这些反潜措施的成功相比，却截然不同。9月14日，英国的“皇家方舟”号航空母舰在进行反潜巡逻时险遭敌方潜艇的鱼雷攻击。三天之后，22,500吨的英国航空母舰“无畏”号在爱尔兰附近海域巡逻时因缺少足够的掩护兵力，被德国的U-29号潜艇击沉。想到第一次世界大战中北海水雷障碍所取得的奇迹般的成功，英国在第二次世界大战中也布设了类似的水雷障碍。结果，只炸沉1艘德国潜艇，根本没有限制住德国潜艇的行动。
德国还采取了大规模布设水雷的办法。德国的空军、水面舰艇和潜艇在港湾、河口以及英吉利海峡和北海的浅水海域布设了进攻性雷区。德国所布设的均为磁性水雷，采用普通的方法不易排除。1939年11月23日，英国在泰晤士河口打捞起一枚由飞机投布在泥滩中的德国磁性水雷。通过剖析，英国人掌握了这种水雷的工作原理。随后，他们在每艘舰船的周围绕上一根充电的电缆，从而能够部分地对付磁性水雷。这种叫做“消磁电缆”的设备在某种程度上削弱了德国水雷战的效能。尽管如此，在战争的头四个月中，德国的水雷严重破坏了英国的近海航运，炸沉79艘商船，总注册吨位达262,697吨位总注册吨(G.R.T)是国际通用的衡量货船载货能力的单位，它是以每100立方英尺的容积为一吨计算的。军舰的吨位是以排水量计算的，一艘总注册吨为3000的货船的排水量约为5000吨。。所有这些被炸沉的船只差不多都是独立航行的。