与此同时，英国在大西洋上组织了运输船队。德国潜艇在9月份击沉了153,879吨同盟国与中立国的船只，但在所损失的41艘运输船中，没有一艘是在有舰艇护航的情况下被击沉的。到1939年年底，英国皇家海军护航的5,756艘运输船中只损失了12艘，其中有4艘是被德国潜艇击沉的；在此期间，有102艘独立航行的商船遭到损失。邓尼茨损失了9艘潜艇，约占德国潜艇兵力的六分之一。据他在战后所撰写的《论海上战争》一书中透露，“1939年冬至1940年，在作战海区内活动的德国潜艇数量从未超过10艘，有时甚至少到2艘。”
由于护航兵力的大幅度波动，护航运输队中的护航舰的配置也经常变化。从理论上讲，防御德国潜艇攻击的最有效的护航队形是护航舰环包着运输船只，而运输船则编成正面宽、两翼窄的队形。这种队形可减少德国潜艇进行翼侧攻击的机会。为了保护一支周长为了7海里的运输船队(即10路纵队，每路4艘，纵队与纵队的间隔为600码，纵队中船与船的距离为400码，如1939-1940年所采用的队形)，护航队指挥官最初采用了第一次世界大战时的盒形警戒幕，即在运输船队的每一角部署一艘护航舰，并命令其他护航舰在编队正前方的扇面内就位。在第二次世界大战初期，一般习惯使用巡洋舰或战列舰担任护航，但在敌人的水面袭击舰的威胁消除后，英国便废除了这种作法，因为这样做对大型军舰来说危险性太大。
早期典型的横渡大西洋的运输船队一般由30-40艘商船组成，编成9-12路纵队。通常所以采用宽正面的长方形队形，其原因有如下几个：第一、减少德国潜艇从有利的翼侧对运输船队进行攻击的机会；第二、最利于编队内各船之间的视觉通信；第三、避免过长的纵队的尾部船只匆匆赶超前面的船只；第四、在护航舰缺少的情况下，这是控制为数众多的运输船只尽可能减少互相碰撞的最佳队形。此外，这种队形既能最有利于护航舰艇阻止德国潜艇的攻击，又能最有利于护航舰艇对有威胁的潜艇实施攻击。显然，运输船队充当了潜艇攻击的目标群。但如果船队中各船之间留有充分的间隔距离，那么，一颗“白朗宁子弹”(意指朝着运输船队的大体方向发射的一条鱼雷)也未必能够碰上目标。同样，只要编队中各船间保持适当的间隔距离，也可以减少德国潜艇穿过(白天从水下，夜间从水面穿过)护航舰的防御，以一个鱼雷齐射击沉数艘船只的危险。
英国早期的作战思想是要求对攻击的潜艇立刻实施“制裁”。这种战术尽管在德国的狼群战术出现之前能有效地减少运输船队的损失，但很少能给敌人以致命的打击，因为每支运输船队中配备的护航舰甚少，而且多数护航舰的速度较慢，它们在尚未来得及对敌实施致命的攻击时就必须跟上它们的运输船队。因此，德国潜艇在规避开护航舰的攻击之后，往往会再次盯上原来的运输船队。邓尼茨的潜艇艇长们喜欢夜间在水面上从运输船队的左右45度方位实施攻击，这样可缩短鱼雷在水中的运行距离，使得商船来不及规避。英国新发展的护航原则要求加强正面防御，因此在1942年创制了“曲线”警戒幕。所谓“曲线”警戒幕，就是加强运输船队的正面防御，并在正前方另外部署一些舰艇，以阻止敌潜艇直逼船队的要害部位。如何防止被“白朗宁子弹”击中，始终是护航队指挥官的一个棘手的问题。直到1942年护航舰使用了舰载雷达和高频无线电测向仪，他们才能将警戒幕距运输船队的距离从4000码增大到6000码。同时，运输船队各纵队之间的间隔也由600码增至1000码，这一措施将“白朗宁子弹”命中运输船队的概率减少了50%，而运输船队的周长才增加不到8%。