此外，还责成哈尔西支援麦克阿瑟西南太平洋部队准备实施的下列作战：9月15日进攻新几内亚岛和棉兰老岛之间的摩罗泰岛，10月15日进攻摩罗泰岛与棉兰老岛之间的塔劳群岛，11月15日进攻菲律宾群岛南部的棉兰老岛，然后于12月20日进攻菲律宾中部的莱特岛。至于在菲律宾北部的吕宋岛登陆的时间，将视上述几次登陆作战的进展情况和速度而定。
以上就是对日作战的基本计划。但是，参谋长联席会议的成员，尤其是海军作战部长金将军，对经由菲律宾群岛向日本接近这一作战方案的正确性抱有怀疑态度。采用这种一步一步地向日本接近的打法必须付出高昂的代价，而且一定会使战局的发展缓慢。这只能说明把“逐岛作战”的战法又拣了回来。可是，在第5舰队能够绕过封锁日军设防的要地，并跨越千余海里实施进攻以来，盟军已经放弃了“逐岛作战”的战法。因此，参谋长联席会议要求，麦克阿瑟部队在棉兰老岛登陆后立即在那里建立航空基地，以便削弱吕宋岛的日军航空兵力，然后与尼米兹的部队联合作战，准备进攻台湾和中国的沿海地区。
这种越岛战略，将为封锁荷属东印度与日本之间的海上交通线提供一个同吕宋岛一样有利的基地；只要发动这么一次攻势，就可获得便于进攻日本本土的前进基地。与在菲律宾进行旷日持久的争夺战相比，这样既可迅速打败日本，也可早日解放菲律宾。
对于参谋长联席会议的上述意见，麦克阿瑟将军表示强烈反对。1944年7月，在火鲁鲁奴军事会议上，他在罗期福总统面前申述说；成千上万的菲律宾游击队员正在敌后进行袭扰，菲律宾的人民几乎均可投入这场解放菲律宾的斗争。如果我们绕过菲律宾，对友好的民众和岛上的美国俘虏见死不救，他们只好在死亡线上挣扎，在暴虐的日军统治下忍受凌辱。这就是美国不信守尽早解放菲律宾的诺言，从而使东方人感到美国又抛弃了菲律宾。
罗斯福总统认为麦克阿瑟的上述意见是有道理的，但是，直到9月11日美英联合参谋部去谒见参加第二次魁北克会谈的罗斯福总统和丘古尔首相时，还未正式作出最后决定。
这时，斯普鲁恩斯、特纳和史密斯几位将军返回珍珠港休息，并拟制下一步的作战计划。太平洋舰队所属的指挥官作了某些更动，原中太平洋部队改为美国第3舰队，由哈尔西海军上将接替斯普鲁恩斯担任舰队司令官；西奥多·威尔金森海军中将接替特纳担任第3两栖作战编队司令官；盖格少将由于盖格将军在关岛作战中耽搁的时间太长，而不能直接参加拟制进攻西加罗林群岛的作战计划，所以进攻帛琉群岛、乌利西群岛和雅浦岛的海军陆战第3军，后来就由在塔拉瓦登陆作战中威名远震的朱利安·史密斯中将来担任军长。接替史密斯担任海军陆战第3军军长。