搭载飞机的潜艇曾多次完成空中照相的侦察任务，还有一次是在美国俄勒冈州的森林里投了几颗燃烧弹。但由于艇载飞机的起飞和回收都很困难，这种搭载飞机的潜艇便未被广泛使用。日军还企图使用伊-400型潜艇(3500吨，可搭载3架飞机)，对巴拿马运河地区进行袭扰。但是，当这种潜艇开始服役时，战争已接近尾声。
日军有时使用潜艇进行袭扰活动，但其战略价值甚微。偶尔还用潜艇为水上飞机加油，以延长其战斗活动半径。1942年，数艘日本潜艇在北美洲西海岸附近击沉几艘舰只，并炮击了温哥华岛、阿斯托里亚和圣巴巴腊等地附近的油库，引起人们的惶恐不安。另外，有数艘潜艇试图从海上与德国取得联络，但是只有伊-8号潜艇成功地往返于日德之间。
美国潜艇战绩卓著，而日本潜艇则相形见绌，对此似有必要略加分析。日本的吕型潜艇吨位小，较陈旧，显然比美国的S级潜艇差得多。但是，新造的伊型潜艇则完全可以与美国的大型潜艇媲美。战争爆发时，美国及荷兰在太平洋和远东地区的潜艇在数量上与日本的大致相同。然而，美国的潜艇大部分是S级的，而日本潜艇则多是伊型的。伊型潜艇的战斗力比S级潜艇几乎强一倍。
此外，日本的鱼雷比美国的更为可靠，速度快，射程远，雷头威力大。当然，日本潜艇某些技术上的缺陷也在一定程度上影响了潜艇的战斗力。直到战争后期，日本潜艇还没有装备雷达，水声探测装置远比德国潜艇的落后，在对付水声探测方面还没有什么有效办法。然而，日军在潜艇作战方面的失误，主要是最高统帅部对潜艇的战略使用不当所造成的。日本海军从未把其强大的潜艇部队用于破坏盟国的商船运输。显然，日本的战略决策人物对后勤保障在现代战争中的重要作用根本未予重视。
德国曾经强调指出，潜艇是袭击运输舰船的最有效的武器，并再三敦促日本使用潜艇袭击盟国的护航运输队。日军对此置之不理，仍然一味使用潜艇袭击对方的军舰。而美国潜艇则对日本的货舱不断进行袭击，使日本的战争潜力濒于枯竭。在这种情况下，日军对美国舰队赖以生存又最易受损的油船和货船却不屑一顾，依然派其潜艇去袭击戒备森严的舰队。