当然也有学者经精心考察各种蛛丝马迹，提出仁宗是被其长子朱瞻基，即继仁宗登位的宣宗害死的。理由是仁宗不受朱棣的喜欢，只是因为“礼教”和“祖训”的关系，才立朱高炽为太子，但朱棣一直有废朱高炽储位之心。而仁宗的长子朱瞻基却与父亲相反，善骑射，谙武事，热衷权利，工于计谋，深受成祖赏识。因此在朱高炽和儿子朱瞻基之间因为朱棣而形成了隔阂，朱高炽讨厌其父，也由此讨厌被其父宠爱的儿子朱瞻基，他最喜欢的儿子是封为襄王的老五。有史学家说，如果朱高炽不是死得早的话，太子朱瞻基必然被废。由此推断，是朱瞻基密谋加害了仁宗。因为朱瞻基在四月十四日离开北京城，当时随侍仁宗的宦官海涛是朱瞻基的亲信，他按预先密谋，加害仁宗，五月十三日仁宗暴卒。而朱瞻基离京后，不按照预定的日子前进，而是直奔南京。而在他离开南京前，南京城中已“传言仁宗上宾”，要知道当时北京还未发丧，也没有如此快的传播手段，可见仁宗的死是在一些人预料之中的。当朱瞻基六月三日返回北京后有大臣劝诫说人心汹汹，不可掉以轻心，朱瞻基却回答说：“天下神器非智力所能得，况祖宗有成命，孰敢萌邪心！”显示出一切皆在其掌握之中的自信和自得。因此这一说法也并非空穴来风，恐怕是史有隐笔。
但不管真正的原因是什么，体弱多病的仁宗皇帝，登极仅八个月就一病不起，于洪熙元年（公元1425年）五月，死于钦安殿。
两朝皇帝明英宗“南宫复辟”之谜
在封建王朝，普遍存在着权力的博弈。皇帝与皇储、亲生骨肉之间经常会为了权力而生死相搏。帝王家庭内，经常上演父（母）杀子，子弑父，或兄弟相残的惨剧。如在隋朝有杨广弑父杀兄；唐朝有李世民“玄武门之变”；明朝有朱棣“靖难”之变等等。发生在明朝的“南宫复辟”同样是兄弟之间为了权力而演绎的一幕惨剧。
明宣宗病死后，太子朱祁镇即位，是为明英宗，年号正统。明英宗即位时才9岁，朝中大事在禀报皇太后以后再施行。当时有司礼太监王振在朱祁镇小时候就时常陪同其玩耍，天长日久，得到了朱祁镇的欢心。朱祁镇做了皇帝后，尊其为“先生”，并要公侯们尊他为“翁父”，又把一切军国大事交给他统管，朱祁镇落得在一边做个逍遥皇帝。而此时的北元势力在不断扩大，屡犯明朝边境。北元政权是由元朝残余势力逃回蒙古后建立的。随着势力的不断壮大，开始侵犯大同，此时掌管军国大权的王振想借此机会来显示威风，于是怂恿英宗御驾亲征，年轻的英宗也想率50万大军到塞外玩玩，于是两人一拍即合，决定出兵。明军进入大同，王振得知前线战事惨烈，又怂恿英宗退兵，结果部队大乱，北元的也先趁机追击。撤退时，王振想绕道家乡蔚州显示威风，走了40里，忽又担心军队会对家乡他的产业造成破坏，又命部队改道向东；到了土木堡，因他的1000多车财物未到，又强行命令部队在没有水源的土木堡驻扎，结果，几十万军队被北元的也先包围歼灭。王振被愤怒的将军打死，而英宗皇帝成了中国历史上绝无仅有的战地俘虏。这就是著名的“土木之变”。