说到底，“明末三案”的发生，都是万历皇帝在立太子一事上的拖延犹豫造成的。原来，万历皇帝的正宫娘娘王皇后虽然十分贤惠，却一直没有生育。让人想不到的是，万历的长子朱常洛却是他在一个偶然的机会和一个姓王的宫女生的，对此万历本人早就忘了个一干二净。这个王姓宫女原是在慈宁宫服侍太后的婢女，有一次万历去看望太后时，偶然兴起就和她有了瓜葛，结果不久就怀上了孩子，所以当太后告诉万历这个宫女怀有他的孩子时，他矢口否认。但是皇宫中对皇帝的一言一行都十分重视，每天都会有专人作起居录记录皇帝今天干了什么事情。将当天的记录拿出来，对证之下，万历皇帝不得不承认有这个事情，却因为不喜欢这个宫女，也连带着并不喜欢这个长子朱常洛。
但不管怎么说，在母凭子贵的传统观念下，王宫女最终被封为恭妃。而按照传统的皇位继承法，虽然这个宫女出身不高，但皇位的继承是立嫡立长，即皇后有子的话就以皇后的儿子为太子，如果皇后无子的话，就以妃嫔生育的庶子中的长子为皇位继承人。因此，长子朱常洛就被视为皇位继承人，得到了太后及群臣的认可。对此，万历本人起初也没有反对，朱常洛的皇位继承人身份在刚出生的头几年，也十分巩固。
这种情况到了万历十四年皇三子朱常洵出世后，发生了变化。原来皇三子朱常洵的母亲郑贵妃是万历最宠爱的妃子，她因为生下了皇三子，被封为皇贵妃，地位比生下皇长子的王恭妃还高，这样一来引起大臣们的不满，他们认为这不符合礼法，郑贵妃的地位不应该高于生下皇长子的王恭妃。大臣们不仅私下议论纷纷，还为此专门上奏折议论此事，要讨个说法。恰巧在此时，宫中又传出，皇帝与郑贵妃有了秘密约定，许诺要将皇位传给皇三子。这样更引起了大臣们的担心和议论，纷纷上疏要求早点将皇长子朱常洛的太子地位明确下来。对此，万历皇帝既想改立皇三子，但碍于大臣们的阻力太大，又不能不考虑，况且太后也反对。为了避免两边都不好交待，就将大臣的奏章统统“留中”，就是既不答复也不发还，想拖些时候再说。于是，在太后、大臣和皇帝与郑贵妃之间就形成了长达十多年的建储之争，立太子的事就这么拖了下来。时间一年年过去，万历皇帝已经四十岁了，众大臣锲而不舍，要求立太子的奏章越来越多，眼看着再拖下去是说不过去了，万历皇帝只好立朱常洛为东宫太子，这时朱常洛已经二十岁了。
虽然立太子最终以大臣们的胜利告终，但是郑贵妃并不死心，仍想寻找机会废掉太子，但由于当时支持太子的李太后还在，郑贵妃也不敢轻举妄动，直到万历四十二年李太后死后，第二年就发生了前面说的“梃击案”。
事件发生以后，引起了朝廷上下的关注，京师百官群情汹涌，都认为是郑贵妃在后面捣鬼，要迫害太子。万历皇帝也不能明显包庇，就一边命令刑部官员审理，一边想大事化小。审理的结果是，说闯进宫里的人叫张差，是蓟州并儿峪人，闯宫的原因是被人烧了供应差役的粮草，一气之下来到京城，要向朝廷申冤，结果误闯宫门。刑部判案的结论是，张差语言混乱，好像是个疯子，就以“疯癫闯宫”罪论处，草草了事。这个结果最符合万历皇帝的心意，因为不用再对幕后指使人进行追究了。但是，朝廷大臣们却不相信，也不答应，不能明着和皇帝对着干，有个刑部主事叫王之寀（音cai）的就想办法私下去牢里审问张差，结果却让人大吃一惊：张差供称是受了宫里太监指使闯宫梃击的，指使的人是郑贵妃翊坤宫中的大太监庞保、刘成及其亲戚马三道、李守才等人。供词一出，举朝哗然，大臣们再次向皇帝上奏折要求彻底查清幕后指使人，同时大臣们明确地将怀疑的对象指向了郑贵妃及其兄弟郑国泰身上，因为在“梃击案”之前就曾经发生过针对太子的“妖书案”，当时的种种迹象表明与郑国泰有关。