而真正的涉案人李可灼被发配戍边贵州，崔文昇被贬到南京，都是很轻的处罚。特别是崔文昇，至魏忠贤掌权后，因为受其赏识，又被重用提拔为总督兼管河道。只是在大臣们的连连上折抨击下，明熹宗才最终判决崔文昇被杖一百，然后发往明孝陵作杂役守卫。
从红丸一案的发生过程和处理结果来看，放过了主犯郑贵妃及崔、李二人不去重判，却抓住方从哲不放，借此争权夺利，显然是不恰当的，这也正是明末政治腐败的表现。红丸一案的后果是，不久之后就导致了宦官魏忠贤集团的操控朝政。天启年间，魏忠贤当权，又为“红丸案”翻案。结果，当初声讨方从哲的一些官员被革除了官职，流放边疆，而抨击崔文昇、方从哲的东林党人也受了追罚，高攀龙被迫投池而死。到了崇祯年间，惩办了魏忠贤，又将此案翻了回来。再后来崇祯死后，南明王朝又一次以此为题材挑起党争，最终明朝廷在一片内斗之中彻底走向末途。小小的一粒红丸，却引出这么多的波折，确实是当时人难以逆料的。
鸠占鹊巢乾清宫“移宫案”之谜
泰昌元年（公元1620年）九月初一，年仅十六岁的皇长子朱由校继承了因服食红丸而去世的明光宗的帝位，但登基不久就发生了著名的“移宫案”，就是有人占据了应该由皇帝居住的乾清宫不愿意搬出来，然后官员们为了维护皇家的体制，就发动起来逼其迁出以及由此生出的一系列事端。皇帝的寝宫也有人敢占据吗？他们的目的又是什么呢？
“移宫案”紧承“红丸案”，是由前案中明光宗朱常洛的爱妃李选侍引起的，起因也在光宗朱常洛身上。原来，光宗的原配夫人郭氏在他还是太子的时候就病死了。光宗做了皇帝以后，一直没有册立皇后，身边只有才人、选侍、淑女侍候。其中有两名选侍，都姓李，一个住在东面，一个住在西面，故被分别称作东李、西李。东李老实，不得宠，西李就是此案的主角，长得漂亮，受宠于朱常洛。朱常洛将失去生母的长子朱由校交由西李抚养，五子朱由检则由东李抚养，西李并跟着朱常洛一起入住乾清宫。关于李选侍，史书对其记载不详，有可能是来自民间的秀女，也有人认为她就是万历宠妃郑贵妃为了讨好光宗而送给他享乐的八个美人之一。