与此同时，杨涟等官员对李选侍仍居住在乾清宫也提出了看法，要求尽快将她赶出去，这样新皇帝继位才算是完全名实相符。他们用“武氏之祸”来比喻李选侍，说她想做武则天。而李选侍也很不甘心，仍想将朱由校接回自己身边，并和魏忠贤商量，想方设法要挽回败局。这样你来我往，拖了好几天。直到新皇帝登基前一天，百官们再也忍不下去了，纷纷冲到乾清宫门外大声喧叫，要李选侍快离开。在大臣们的严词逼迫下，加之有宫中太监王安等人的支持，李选侍看看招架不住了，只好匆匆决定移宫，搬了出去。到了九月初六，朱由校正式即帝位，搬进了乾清宫。由于李选侍移宫时十分仓促，还发生了宫内人员趁机盗窃宫中物品的事情，并由此牵扯出一些其他案件，这又是其余波了。
乾清门是后三宫的正门，清代这里是“御门听政”的地方
“明末三案”是万历末年以后最高统治集团内部争夺权力的激烈斗争的反映，反反复复，一直持续到明末。天启年间，因梃击、红丸、移宫三案的代表人物王之寀、孙慎行、邹元标、杨涟、左光斗等均系东林党人，而在魏忠贤专权后，与东林党对立的齐、楚、浙诸党官僚纷纷依附魏忠贤，结成阉党，并怂恿他汇集三案的材料，撰成了《三朝要典》，全面翻案，将涉案的东林党人纷纷打倒，三案成了魏忠贤杀人的口实。而到了明末崇祯年间，魏忠贤被惩办之后，三案又再次翻了回来。
母卑子弱明神宗不喜长子之谜
万历六年（1578年），明神宗举行大婚典礼，然而婚后皇后迟迟未有生育，直到万历九年（1581年）才产下一女。皇帝没有儿子，皇位继承便出现问题，这是事关国本的大事，一时间，皇帝什么时候能生皇子便成为朝野关注的热点。万历十年（1582年）八月，王恭妃生下神宗的皇长子朱常洛，这本是大喜之事，然而明神宗却反应冷淡。为什么会这样呢？