朱常洵出生后，郑氏被进册皇贵妃，群臣意识到神宗有废长立幼之意，首辅申时行便上疏要求“册立东宫”，称“祖宗朝立皇太子，英宗以二岁，孝宗以六岁，武宗以一岁，成宪具在”。结果神宗仍以朱常洛年纪太小为由，称过两三年再举行册立。到了万历十八年（1590年），申时行再次提出册立东宫，神宗仍然借口“长子犹弱”加以拒绝。由于申时行等内阁大臣纷纷采取“杜门求去”的方法抗争，神宗无奈，便答应到万历二十年（1592年）春举行册立仪式。到了万历二十年（1592年），神宗再次反悔，以“小臣烦激，违旨侮君”为名，将要求册立东宫的大臣或夺俸或杖责或斥逐为民。万历二十一年（1593年），朱常洛12岁，神宗已经无法以皇长子年幼为借口，便找了个新借口，称皇后年尚少，也许还会生儿子，因此要再等两三年，如果皇后还没有生子再行册立。此论一出，举朝大哗。
正当朝中大臣对册立东宫一事争论得沸沸扬扬时，李太后感到不能不出来说话了。王恭妃原是她宫中的宫女，李太后是喜欢她的，也心疼长孙朱常洛，因此决定干预此事。有一天，神宗到慈宁宫向母亲请安，李太后借机问神宗：“外廷诸臣多说该早定长哥（明代宫中称太子为长哥），如何打发他？”神宗回答：“道他是都人（明代宫中称呼宫女为都人）的儿子。”李太后闻听此言不由大怒，正色训斥道：“母以子贵，宁分差等？你也是都人的儿子！”
神宗原本只是想为不立朱常洛为太子寻找个理由，却忘记了李太后也是宫女出身，早年以宫女身份为隆庆皇帝生下了朱翊钧（即明神宗）才进封为贵妃，换句话，自己也是都人的儿子，如果都人的儿子就不能立为太子，自己这个皇帝也当不成了。听到母亲训斥，神奈惶恐万状，急忙伏地请罪。经过这次事件，神宗自知理亏，不得不让步，同意册立朱常洛为太子。
然而，尽管朱常洛被册立为皇太子，地位却并不稳固，一方面神宗册立他为太子并非出自真心，另一方面郑贵妃时时想造成“易储”的局面。朱常洛的皇太子地位岌岌可危，使朝野上下那些维护祖宗法度、维护正统观念的人们忧心忡忡，民间也议论纷纷。神宗对太子的冷淡使得太子地位始终未能真正巩固，这导致了“妖书案”、“梃击案”等一系列疑案的出现，使当时的政坛因此动荡不定，为日后的党争之祸种下了祸根。
不知所终懿安皇后下落之谜