六月初十，满心欢喜的高拱便将《陈五事疏》送交皇帝，要求皇帝严惩太监干预朝政，削夺司礼监太监的权力，并将权力集中到内阁。高拱哪里知道，张居正一转身，就已经将他要弹劾冯保的事告诉了冯保。原来张居正早就看中内阁首辅的职位，为了能取高拱而代之，暗地里已经与冯保结成同盟，就等机会来临了。
高拱送上奏疏以后，又让自己的门生故吏上疏弹劾冯保，以制造倒冯的声势，迫使冯保下台。以工科给事中程文为首的一批言官纷纷上疏，联名弹劾冯保，指责冯保有“四逆六罪”、“三大奸”，甚至攻击冯保对穆宗的死负有责任，要求皇帝严惩冯保，一时间，倒冯形势一片大好。
六月十六日，宫中传出话来：“有旨，召内阁、五府、六部众皆至!”高拱认定是小皇帝要下旨处分冯保，颇为兴奋。文武百官齐集后，太监捧着圣旨出来，高声喊道：“张老先生接旨。”高拱一听大惊，心想我是内阁首辅，按理应该我接旨才对，怎么会是张居正呢?心里隐约感到大事不妙。只听太监一字一句地宣读圣旨：“皇后懿旨、皇贵妃令旨、皇帝圣旨：说与内阁、五府、六部等衙门官员，大行皇帝宾天先一日，召内阁三臣在御榻前，同我母子三人亲受遗嘱。说：‘东宫年小，要你们辅佐。’今有大学士高拱，专权擅政，把朝廷威福都强夺自专，通不许皇帝主管。不知他要何为?我母子三人惊惧不宁。高拱着回籍闲住，不许停留。你每(你们)大臣受国家厚恩，当思竭忠报主，如何只阿附权臣，蔑视幼主！姑且不究。今后都要洗心涤虑，用心办事。如再有这等的，处以典刑！钦此。”高拱万万没有想到宣讲的竟然是这样一份诏书，史载高拱听完圣旨后“面色如死灰，汗陡下如雨，伏地不能起”，最后是在别人搀扶下才勉强走出皇宫。
事情为什么会这样急转直下呢?原来这是冯保与张居正共同策划的结果，而高拱最致命的罪证便是他在内阁中随口说的一句话：“十岁太子如何治天下?”冯保正是凭着张居正透露的这句话，攻击高拱不将小皇帝放在眼里，心怀不轨，最终激怒了皇后与皇贵妃，才出现了这道皇后、皇贵妃和皇帝联署的圣旨。高拱虽然不明个中内情，但以他的政治经验很快就意识到自己是被张居正出卖了，双方从此结下仇怨。
冯保与张居正虽然赢得了这一回合的胜利，迫使高拱回乡闲住，但他们对高拱依然怀有戒心，担心他日后会东山再起，毕竟高拱有这样的经历。王大臣案的出现，使冯保看到了彻底铲除高拱的机会，于是一幕闹剧就此上演。
王大臣被送至东厂后，声称自己本名不叫王大臣，而叫章龙，是从戚继光处来的。张居正随即票拟谕旨：“着冯保鞫问，追究主使之人。”冯保来到东厂单独提审王大臣，对王大臣说：“汝只说是高阁老使汝来刺朝廷，我当与汝官做，永享富贵。”还让心腹辛儒与王大臣共处一室，教他指控高拱的口供。一切安排停当，冯保便公开审讯王大臣，王大臣于是供称，是高拱的家仆李宝、高本、高来跟他同谋行刺皇帝。冯保立即派东厂校尉到高府抓人。
消息传开，朝中大臣一片哗然，吏部尚书杨溥、都察院左都御史葛守礼等大臣纷纷向张居正施加压力，要求他制止这种无中生有的陷害行为。其实，冯保借王大臣案陷害高拱，张居正也是参与其中的，但看到朝中大臣反应如此激烈，担心犯了众怒对自己反而不利，加之高拱确已年老体弱，对自己形成威胁的可能性不大，权衡利弊后，张同意从中调停挽回，于是指派德高望重的锦衣卫左都督朱希孝与冯保一起会审王大臣。