朱希孝心知高拱是被冤枉的，有意为他开脱。会审开始后，出乎冯保的意料，王大臣忽然翻供，竟然指认冯保为主使之人，并称原先指认高拱都是冯保所教。朱希孝见开脱高拱的目的已经达到，也不想深究，就草草结束了会审。冯保见王大臣翻供，害怕陷害高拱的事情败露，害人不成反害己，就将王大臣杀了。疑犯死了，这个案子自然也就不了了之。
王大臣案虽然就这样了结了，但其中的疑点依然很多，王大臣究竟是什么人?他背后的主使者是谁?他是如何能够假扮太监混入戒备禁严的皇宫的?王大臣死了，这些秘密也随着他一起被埋进了坟墓，无人能知。
惊天揭帖万历朝妖书案之谜
万历朝最大的政治事件之一，便是所谓“争国本”，也就是明神宗的继承人问题。明神宗的皇后无子，按礼制，皇长子朱常洛应该被立为皇太子，然而明神宗却因为宠爱郑贵妃，有意立郑贵妃的儿子皇三子朱常洵为太子。而将维护礼制视为天职的朝中大臣自然不会坐视明神宗废长立幼的违制行为，于是双方冲突不断，奇案迭出，妖书案便是其中之一。从发生到破案，妖书案始终与朝中激烈的政治斗争交织在一起，这使得案情更加扑朔迷离，疑云重重，妖书案也因此成为千古之谜。
所谓“妖书”，实则是类似传单的揭帖，是一种匿名的政治宣传品。万历朝的妖书案，影响较大的有“忧危竑议”妖书案与“续忧危竑议”妖书案，内容都与太子地位密切相关。
万历十六年(1588年)，河南人吕坤任山西按察使，以饱学之士自居的他把历史上的“列女”事迹编成一本书，名为《闺范》。这本书刊刻后流行很广，不久便由太监传入宫中。万历二十三年(1595年)，得到此书的郑贵妃命人增补了十余人，以汉明德皇后开篇，郑贵妃终篇，并加写一篇序文，嘱托其伯父郑承恩及兄弟郑国泰重新刊刻，书名改为《闺范图说》。不料到万历二十六年(1598年)，有人托名“燕山朱东吉”撰写了一篇《闺范图说》跋，题名《忧危竑议》。托名“朱东吉”，意为东宫大吉。题名《忧危竑议》是因为吕坤曾上过一个奏折，尾句有“敬上忧危之疏”之语，因此“借其名以讽”。《忧危竑议》主要说吕坤的《闺范图说》首载汉明德马后由宫人进位中宫，客观上是适应郑贵妃想登上后位的需要，而郑贵妃之所以要重刻此书，目的在于想为立自己儿子为太子制造依据。《忧危竑议》出现后很快传遍京城，搞得满城风雨。吕坤得知自己被卷入是非之中，急忙写了《辩忧危竑议疏》向皇上辩白，声明自己撰写《闺范》的目的只是为了“明女教”，与郑氏刊刻的《闺范图说》没有关系。神宗看到事情牵连到郑贵妃，不得不亲自出面干预，称《闺范》一书是他亲自推荐给郑贵妃的，因为书中大略与《女鉴》主旨相仿佛，以备朝夕阅览，并在谕旨中轻描淡写地作出结论：“这事联已洞知，不必深办。”神宗下令不必深办，不是对编写《忧危竑议》的人怀有宽容之心，而是担心此事追究起来，郑贵妃难脱干系。不过，神宗并不想就此放过制造妖书的人。郑贵妃的伯父郑承恩看到《忧危竑议》后，怀疑是吏科给事中戴士衡和全椒县知县樊玉衡所为，因为戴士衡曾弹劾吕坤，说他“潜进《闺范图说》，结纳宫闱”；而樊玉衡则曾在要求册立太子的奏折中指责皇贵妃“不智”。神宗得到郑氏报告后，当即半夜传旨，将二人下诏狱拷讯，最终二人均被流放到边远地区。