万历三十二年(1604年)四月，刑部尚书萧大亨把三法司拟定皦生光“论斩”的结论上报神宗，神宗以为定刑太轻，要求从重拟罪。萧大亨心知此案证据不足，“论斩”已经有些过重，不愿再另拟重刑，便请神宗定夺。神宗急于结案，便亲自定罪，以“生光捏造妖书，离间天性，谋危社稷”的罪名，下令将皦生光凌迟处死，再袅首示众。
皦生光被凌迟处死，妖书案也终于结案，但有关妖书案的争论却并没有结束。皦生光是否真是案犯在朝野引起了极大的争议。
有人指出，妖书案的最终定案有如儿戏。据《先拨志始》记载，参加审讯的御史余懋衡向众官员宣布，他定罪的依据是：“昨梦观音大士说：‘妖书系生光造的。’”在场的人听了莫不匿笑。此话传到宫中，神宗也哭笑不得。
沈一贯、朱赓对“妖书”出于皦生光之手表示怀疑。他们曾就此案向神宗皇帝表示，有关皦生光的证据“空洞繁言，无足推求事实”，“含糊难明”。当然，沈一贯等人的目的是要找出所谓幕后的黑手，也就是郭正域、沈鲤。史载沈一贯的心腹钱梦皋和康丕扬对皦生光严刑逼供，希望他指证郭正域，皦生光却对着他们大骂：“死则死耳，奈何教我迎相公(指沈一贯)指，妄引郭侍郎乎!”刑部尚书萧大亨想讨好神宗，再三诱使生光说出“同谋主使之人”，生光拒不服从，抗言道：“我自为之，谁为主使?”在会审时，萧大亨甚至把写好的纸条塞入刑部主事王述古袖中。纸条上写着：“脱生光而归罪(郭)正域。”王述古正色拒绝：“狱情不出囚口，出袖中乎?”
还有人说，“妖书”出于武英殿中书舍人赵士祯之手。赵士祯一向慷慨有胆略，“妖书案”发后，杜门不出。据说，皦生光凌迟处死后，赵士祯精神错乱，屡次梦见皦生光索命，一病不起。相传临死前，他透露了这一秘密。又传闻，赵士祯临死时，“肉碎落如碟”。所谓“肉碎落如碟”云云，当然是民间关于因果报应的街谈巷议，姑妄听之。不过，由此也折射出舆论的导向：皦生光死得冤枉。但谁是妖书真正的作者呢?至今依然是个千古之谜。
同室操戈毛文龙被杀之谜
崇祯二年(1629年)，袁崇焕给明思宗上了一道洋洋数千言的奏疏——《蓟辽督师袁崇焕题本》，在这份奏疏中，袁崇焕称自己“战惧惶悚之至”，表示要“席藁待罪”。思宗看完奏疏后，“意殊骇”。是什么事情让统领辽东大军的袁督师如此惶恐，令崇祯皇帝如何震惊呢