然而一波未平，一波又起。万历三十一年(1603年)十一月十一日早晨，自朝房至勋戚大臣门口，都被放上匿名书一帙，封面题名“国本枚关”四字，而第一页第一行上赫然写着“续忧危竑议”五个大字。自称“续忧危竑议”，就是在表明此文是续“忧危竑议”而来。书中托名郑福成为问答，“郑福成”的含义，乃是指郑贵妃之福王(朱常询)将成为太子。
与《忧危竑议》相比。《续忧危竑议》的言辞更加激烈。《续忧危竑议》抓住皇太子岌岌可危的处境大做文章，指责郑贵妃企图废太子，册立自己的儿子为太子。书中称，神宗册立朱常洛为太子乃是出于迫不得已，但太子居住的东宫规制都不具备，因此储位未妥，国本未固，他日必将改封。而一旦改封，因为母爱者子贵，以郑贵妃之得宠，必然是福王朱常询成为太子。文中又称，神宗之所以任用朱赓为内阁大学士，是因为“赓”与“更”同音，暗含他日变更朱家太子之意，还列举了依附朱赓的九个文武大臣的名字，称他们为“十乱”，声称在“十乱”的活动之下，不知什么时候太子就会被废掉。此外，书中还指责首辅沈一贯为人“阴贼”，“欲右郑而左王(指太子朱常洛)”。
一夜之间，《续忧危竑议》传遍京城，上至宫门，下至街巷，到处都有，舆论随之哗然。人们看到《续忧危竑议》竟指名道姓地议论当时朝政中最敏感的话题，个个大惊失色。朱赓一大清早在家门口发现了“妖书”，一看内容，竟是诬陷自己为“动摇国本”、他日更换太子的祸首，惊怒之下立即入宫，将《续忧危竑议》进呈神宗。此时，提督东厂司礼监太监陈矩也已经将此事报告神宗。神宗看完《续忧危竑议》勃然大怒，命令陈矩“大索，必得造妖书者”。
东厂、锦衣卫为了侦破妖书案，在京城掀起了一场大逮捕，一时间搞得京城内外人人自危，先后被捕入狱的有锦衣都督周嘉庆、僧人达观、医生沈令誉、四川渠县训导阮明卿、礼部右侍郎郭正域的仆人毛尚文等。其中周嘉庆和阮明卿等很快被释放，而其他人则卷入了朝中激烈的派系斗争。