张居正像
一种观点认为，张居正在推行改革的过程中独断专行，树敌过多。《明神宗实录》在论及张居正不足时说：“（张居正）偏衷多忌，小器易盈，钳制言官，倚信佞，方其怙宠夺情时，本根已断矣。”
不可否认，张居正在实行改革时的确有些独断专行，按他自己的话来说，改革必须“谋在于众，而断在于独”。其实，张居正的独断专行也有他不得已的苦衷。张居正执政之初，政局混乱，吏治腐败，官员们整天只知道相互攻击，而对政事却因循敷衍。张居正曾把当时官场中的上下级比作婆媳，称婆婆终日在嘴上唠叨，而媳妇却总是充耳不闻。为了改变这一局面，张居正力排众议实行了“考成法”，整顿吏治，对官员实行逐级考核，裁撤了一批冗官。那些整顿吏治中受到冷落和打击的官员自然心怀不满。而张居正推行的清丈田粮和一条鞭法，也都会使豪门巨室的利益受损，因此反对的声音一浪高过一浪，面对重重阻力，为了使新政得以实施，独断专行便成为张居正最常用的武器，而这也必然得罪了许多人。
万历五年（1577年），张居正的父亲张文明病逝，按照当时的规定，官僚丁忧必须辞官守制。然而当时改革正处于关键时期，张居正不愿因为守制使改革半途而废，便与司礼监掌印太监冯保联手策划“夺情”之局，由万历皇帝下旨“夺情起复”，张居正以“在官守制”的形式继续执掌朝政大权。此举引来了一片反对声浪，大臣们纷纷指责张居正违背传统的儒家伦理纲常，不配继续身居高位。当时反对最激烈的是翰林院编修吴中行、翰林院检讨赵用贤、刑部员外郎艾穆、刑部主事沈思孝。由于有万历皇帝和皇太后的全力支持，加之张居正又与宫内实权人物司礼监掌印太监冯保结成权利联盟，于是张居正票拟谕旨，对吴、赵、艾、沈四人施以严厉的延杖，把那些反对者强行打压下去。然而此举遭来更多的非议，张居正也因此四面受敌。
张居正在世时，由于大权在握，加上皇帝、皇太后与冯宝的全力支持，其地位无可动摇，因此百官大多只能将不满埋在心底，表面上还要争相拍马献媚。万历十年（1582年）春，张居正病重，久治不愈，朝廷大臣上自六部尚书，下至冗散闲官，无不设斋醮为之祈祷，日夜奔走于佛事道场，把祈求张居正平安的表章供在香火缭绕的神坛之上。然后再把这些表章装进红纸封套，罩上红色锦缎，恭恭敬敬地送至张府以表忠心。然而，张居正去世后，昔日表忠心的表章立即变成了弹劾的奏章，树敌太多的张居正终于遭受了致命的报复。