还有一种观点认为，张居正身死受辱的真正原因是他威权震主，祸萌骖乘。有学者指出，张居正四面树敌固然对他造成不利的影响，但并不足以招来抄家之祸，而明神宗对他威权震主的报复，才是张居正悲剧结局的关键因素。
明神宗即位时年仅十岁，皇太后将小皇帝的调教全权交给了张居正。史载身为帝师的张居正对明神宗的教育是极为严格的，有一次，神宗在读《论语》时，误将“色勃如也”的“勃”字读成“背”音，张居正立刻厉声纠正：“当作勃字！”声如雷鸣，吓得小皇帝惊惶失措，在场的官员也无不大惊失色。皇太后在宫中对神宗进行管教时，也常常说：“使张先生闻，奈何！”因此，在明神宗幼小的心灵里，对张居正是畏惧大于敬重。然而，随着年龄的增长，明神宗不再是昔日无知的幼儿，对权力的渴望使他对张居正独揽大权开始心怀不满，然而，皇太后对张居正的全力支持却让他无可奈何，张居正“乞休”事件让明神宗深深体会到了这种困境。
万历八年（1580年）三月，已经感到“高位不可以久居，大权不可以久窃”的张居正向神宗提出“乞休”的请求，毫无思想准备的神宗第一反应便是下旨挽留，毕竟在他即位的这几年里，一切军国大政都是由张居正主持的，他还真不知道一旦这位让自己敬畏的老师离开，情况会变成什么样子，想必他还记得当年张居正回乡葬父时，自己面对军国大政手足无措，不得不一日之内连下三道诏书，催促张居正早日返京的事。然而，两天后张居正再次上疏乞休，并提出一个折中方案：只是请假，并非辞职，国家如有大事，皇上一旦召唤，朝闻命而夕就道。神宗有些心动了，毕竟此时神宗已经年满十八岁，按照常规也到了亲政的年龄，他也想尝尝亲政的滋味，只是张居正的地位太过特殊，没有太后的同意自己也不敢做主，于是神宗便去请示皇太后。想不到皇太后竟然说：“与张先生说，各项典礼虽是修举，内外一切政务，尔尚未能裁决，边事尤为紧要。张先生受先帝付托，岂忍言去！待辅尔到三十岁，那时再作商量。先生今后再不必兴此念。”明神宗忽然发现，在皇太后眼中，自己竟然还是一个无知小儿，没有丝毫处理朝政的能力！这对一个自以为已经长大成人的十八岁少年而言无疑是一个巨大的打击，而“辅尔到三十岁”更是让神宗一下子看不到自己亲政的希望。相信在这时，神宗心中原来对张居正的敬畏已经变成了怨恨，因为张居正已经成为他亲政的障碍。
万历十年（1582年）六月二十日，张居正病逝，享年五十八岁。终于亲操政柄的神宗很快等到了弹劾张居正的奏疏。陕西御史杨四知上疏弹劾张居正十四大罪，尽管杨四知的弹劾没有什么真凭实据，神宗却没有放过这个发泄心中怨恨的机会，立即在奏疏上批示：“居正朕虚心委任，宠待甚隆，不思尽忠报国，顾乃怙宠行私，殊负恩眷。念系皇考付托，待朕冲龄，有十年辅佐之功，今已殁，姑贷不究，以全始终。”神宗的这个批示表面看起来还有些顾念旧情的意思，实则不啻是向天下传达了一个可以弹劾张居正的信息。果然，此后弹劾张居正的奏折接连不断，神宗也顾不得什么“姑贷不究，以全始终”了，万历十一年（1583年）三月，明宗神下诏追夺张居正官秩，接着又下诏查抄张府，并亲笔写下“张居正诬蔑亲藩，侵占王坟府第，钳制言官，蔽塞朕聪……专权乱政，罔上负恩，谋国不忠，本当断棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法追论。伊属张居易、张嗣修、张顺、张书都着永戍烟瘴地面，永远充军。你都察院还将居正罪状榜示各省直地方知道。”