这些船只要在护航队中航行两天多才分开向各自的目的地前进。到地中海和非洲去的船只在锡利群岛附近编成单独的护航运输队（OG），由一艘远洋护航舰只（通常是一艘小护卫舰）进行护航，要航进到直布罗陀的护航舰只赶来迎接为止。
到9 月底，正常的护航运输队系统已开始实行，驶回的护航运输队从哈利法克斯、直布罗陀和费里敦出发，而出航的则从利物浦和英国沿岸港口出发。由于缺少护航舰艇，在其它航线上仍采用规避航行。
丘吉尔在战前视察过波特兰，看过一次反潜演习，他指出：“应该把潜艇限制在远海海区..我们会有损失，但是潜艇决不会对形势起决走性作用。”战争头几个月所发生的事件，虽不能推翻丘吉尔的这个论点，但是谁能预料到德国会夺取法国比斯开湾内的港口，得到了通往大西洋护航运输队航线的捷径呢？
到1939年止，共有5756艘船只编入了护航运输队，仅有17艘被击沉（其中5 艘是掉队的船只），德国也损失了9 艘潜艇。而单独航行的商船却有97艘被德国潜艇击沉。
在1940年7 月至10月间，单独航行的商船有144 艘被击沉，而编入护航运输的商船被击沉的仅73艘，德国还损失了6 艘潜艇。这些数字证明了建立护航运输队系统是正确的，但是仍有人对此表示怀疑。
一种批评意见认为，护航运输队系统会使大量商船吨位（每次约有1/3 的吨位）滞留在港内，等待编成适当的护航运输队。还有一些人把护航运输队看作是单纯的防御手段，认为进攻的精神应该更多一点。这种意见造成的结果，是花费了大量时间和人力编成驱逐舰和航空母舰“搜索群”去搜索潜艇。这种方法早在第一次世界大战中就已证明是无效的。
护航运输队系统虽然再次证明不能有效地击沉潜艇，但是它却能迫使德国潜艇离开某巡逻区。令人奇怪的是，英国海军部已有了1917年至1918年的教训，却还要说服自己去组成这些“搜索群”，尤其是有一段时间，德国潜艇显然较少（未超过7 艘），而且商船的损失也不太大，但还要用昂贵的舰队与航空母舰去执行这种没有多大价值的任务。
舰队中航空母舰特别容易遭到攻击，9 月17日黄昏，“勇敢”号航空母舰上的飞机和4 艘护卫舰中的2 艘去搜索1 艘德国潜艇。据报告，该潜艇准备攻击1 艘商船。就在这时“勇敢”号航空母舰被德潜艇击沉。德潜艇虽遭到其余的护航艇只用大量深水炸弹进行攻击，但仅仅受到了来回震动，还是返回了基地。这是航空母舰在进行反潜巡逻时第二次遭受攻击。
9 月14日，“皇家方舟”号航空母舰遭到U —39的攻击，U —39很快就被“福克纳”号、“火龙”号和“狐狸”号击沉。在那天傍晚，从“皇家方舟”号上起飞的第803 中队3 架“大鸥”式飞机在U —30潜舰（该潜艇刚刚击沉了“法纳德角”号）下潜时，对它进行了攻击。不巧，反潜炸弹在空中提前爆炸，不但没有炸毁潜艇，反而炸掉了两架飞机。这就是当时反潜武器效率低的一个明显例证。在这些事件之后，英国海军部再也不能无视航空母舰在反潜巡逻时受到的这些威胁了，于是决定搬走航空母舰，但是几个驱逐大队仍在海上进行了几个月的反潜巡逻。