珍珠港入口处附近浅滩密布，在唯一的一条深水航道入口处，美军设置了防潜艇网，这个防潜艇网只有美潜艇通过时才打开，因此“特种潜艇”唯一的办法就是在入口处待机，一但有美潜艇通过，即刻尾随潜入港内，据美军战报报道，凌晨3 时50分左右，扫雷艇“秃鹰”号发现水面有一个黑黝黝的近似小型潜艇的舰只与之向港口同行，便立即展开了搜索，搜索结果报告说黑影消失了。从上午5 时到8 时，恰好有美扫雷艇进港，日本“特种潜艇”
利用这一千载难逢的大好时机潜入港内。
在珍珠港大偷袭中，当美舰连续发出“注意鱼雷”的警报时，人们才想起了“特种潜艇”的进击这件事情。大概炸沉美舰的鱼雷中也混杂着“特种潜艇”的45 厘米的鱼雷吧。然而。水底奇袭的结局却很悲惨。有的潜艇机发生故障，导致搁浅。参战者除不省人事的酒卷少尉被俘之外，其他全部阵亡。
主张使用“特种潜艇”进攻方案发起之一的松尾中尉，因战前去夏威夷视察，回国已晚，未被选入10名敢死队员之列，心中极不平静，不久，终于在次年5 月对悉尼港强行进击的潜战中，一命归天。
在奇袭珍珠港时，日本海军曾计划以27艘精锐潜艇封锁夏威夷海面，并准备鱼雷攻击在空袭后幸存逃脱的美军舰只。但是，事实恰恰相反，潜艇部队袭击美舰的计划不仅没有成功，反而遭到暗算，结果遭到惨败。潜艇部队曾在报告中说：“要封锁已经被严加警戒的港湾和攻击美军舰只是非常困难的。总而言之，潜艇的主要作战目标就应该是美运输船而不是军舰。”对此，日本海军首脑目瞪口呆，无言以对，最后，不得不为“消耗作战”的失策而反省。然而，却丝毫没有改变多年来对潜艇因循守旧的使用方法，强迫潜艇进行不适宜于其特点的作战，结果白白地损失了兵力。
另一个失败的主要原因是，美军潜艇警戒和攻击战术有了长足的进步，而日本潜艇的战术及其装备一直处在陈旧落后的状态中。带有雷达的潜艇和不具备雷达的潜艇交战，就像大炮同长矛作战一样，其结局是不言而喻的。
后来，日本海军本以为莱特湾海战是自已恢复名誉的绝好机会，不料却更加使自已声誉扫地。被称作“水鬼”，默默地潜入水底浴血苦战的潜艇部队的日本兵们真是可怜之至！