日本海军潜艇部队的状况是，开战时拥有64艘，战争中又增加了126 艘，合计190 艘，约25.4万吨。这一实力雄厚的潜艇部队，至莱特湾海战爆发之际，究竟还拥有多么大的实力呢？
在历时3 年的战争中，日军大本营报道部没有发表任何关于潜艇部队的消息。潜艇部队是否还健在呢？这一不解之谜深深地埋藏在人们的心灵深处。其实，这个谜并非难解，一句话，潜艇部队仍然健在！这就是三轮义茂中将为司令的第六舰队。然而，这支舰队的实力与上述潜艇数目相比，已经是秋风扫落叶之势了。三轮义茂和部下大和田、石崎、鱼住、工藤等专家（司令、少将）常常聚集在一起，为该舰队日益枯竭下去而叹息不已。当时，日军剩余的潜艇数仅有32艘（除210 艘老朽不堪之外），其中有两艘专门用于运输，有4 艘用于破坏印度洋交通线，13艘正在修建过程中，换言之，能够参加莱特湾海战的仅仅只13艘潜艇。
本来，“捷一号作战”是日本海军集中全部力量，进行决死拼搏的一场战斗，对日潜艇部队来说，是一个极好的大显身手的机会，因此，即便是由13艘潜艇组成的小规模舰队，也应该抢先一步在莱特湾战场待机。可是，潜艇部队出击的时间比小泽舰队还要晚，这似乎可以证明日本联合舰队司令部已经对潜艇部队不抱多么大的希望了。由于发生了一些事故，最终只有11艘潜艇出击成功。
按计划，应该于24日在拉蒙湾布下3 艘，在萨马岛海面布下4 艘，在苏里高海峡布下4 艘。但是，由于拖延了航期，潜艇在25日到26日间才布置妥当。在这期间，日潜艇发现了许多舰只，也许是栗田舰在激战，也许是美机动部队在激战。可惜的是，由于担心发生误伤，只有“伊—56”号潜艇发射了几枚鱼雷，除此之外，就再也没有接到关于日潜艇的攻击报告。来自潜艇的关于美军一方损失的报告，除美护航航空母舰受轻伤这一消息以外，几乎等于零（“伊—56”号潜艇攻击了美运输船1 艘，航空母舰1 艘）。而结果却有5 艘日本潜艇没有返回，这个数目也不亚于参加莱特湾海战的其它舰队所蒙受的损失。