报告起草完毕并经周恩来审查修改后，周恩来叫薛暮桥把草案带到杭州去征求陈云的意见。这时陈云的身体仍很虚弱，每天只能谈2个小时，分3天报告完毕，他完全同意草案所提出的意见，要薛暮桥把他的意见转告总理。
根据陈云的意见进行部署后，经济调整工作很快就有了成果。1962年工业生产发展速度比上年降低16.6%，产铁量比上年减少476万吨，钢产量减少200多万吨，基本建设投资比上年减少56亿元。陈云建议出售高价糖果、点心，开高价饭馆，后来又出售部分高档的高价商品作为补充，并借此回笼货币，稳定物价。此后三四年间靠出售高价商品共计多回笼货币50亿元，相当于1961年货币发行总额125亿元的40%，为物价稳定创造了条件。
在全党和全国人民的共同努力下，经济调整取得了很大的成效。在1964年底召开的三届人大一次会议上，周恩来正式宣布，调整国民经济的任务已经基本完成，整个国民经济将要进入一个新的发展时期。
看准了的事，不避风险也要说。陈云提出为渡过困难需要“分田到户”，却受到了严厉批评和冷遇。
工业调整有办法了，农业调整也需要想办法。农业生产受“大跃进”和自然灾害的影响是最大的，在那段困难的日子里，陈云给予农业问题以极大关注。粮食危机的救急办法只可 应付一时，要走出困境，还是要想办法增加粮食产量。
前几年粮食减产，到底是什么原因?谁都不敢找“大跃进”的问题，就归因于自然灾害。陈云不同意这种说法。1961年刚重新工作，他就旗帜鲜明地表示：有人说去年因灾减产1200亿斤，我不信。李先念说是500亿斤，我计算顶多360亿斤。我跑了几个省，印象是北方几个省主要是因灾减产，而浙江、江苏、广东则不是，浙江农民就不承认有灾。搞平均主义，大大降低了农民的积极性。
但是，在当时的条件下，这种看法肯定会有人抵制。因此，陈云最初考虑较多的，是如何恢复和发展农业生产力的问题。他认为，发展化工和水利事业，可以对农业增产起很大作用，其中发展化肥是农业增产最快、最重要的一条。年产100万吨化肥，只要10亿元投资，可增产粮食300万吨即60亿斤。同样增产这么多粮食，用开荒的办法，需要投资15亿元开3000万亩土地。