窩闊台即位後，便著手對蒙古漠北地區的治理，遵循成吉思汗制定的《大札撒》（《成吉思汗大法》）。授旨曰：成吉思汗原來頒布的法令和敕旨，應予以維護、支持和保衛，不許惡意變動、篡改和混淆。同時窩闊台在《大札撒》的基礎上，又補充了新的內容。為保證新舊《札撒》的實施，規定誰觸犯新舊《札撒》，即按罪行之輕重給以懲罰，這使整個國家納入了以法治理的軌道。
窩闊台在位期間依然非常信任父汗任用的耶律楚材，於是奉他為中書令，他對耶律楚材所說的：“天下雖得之馬上，不可以馬上治。”這句話非常贊同和欣賞，所以對中原和北方地區進行治理時是與戰時的政策截然不同的。
在整個思想領域，窩闊台開始注重對儒學的研究。其實，蒙古統治者本不懂儒術，也不信儒術，後來在一些地主知識分子的影響下，逐漸懂得了孔孟之道。窩闊台即位後，耶律楚材就向他“進說周禮之教”，懂得“天下可馬上得之，不可以馬上治之”的深刻道理。他曾請名儒向皇太子和諸王大臣的子孫講解儒家經義。
公元1233年，窩闊台聽從耶律楚材建議，派人到汴京征孔丘51世孫孔元楷，襲封衍聖公，並命令修孔廟。當程朱理學在南宋盛行時，北方正處在金朝統治下，當時，“南北道絕，載籍不相通”。理學在北方還未傳布開來，到1235年蒙古軍隊占領德安，南宋儒生趙復被俘至燕京(今北京)，北方才開始有程朱理學。趙復是朱熹的門徒，也是謝夢先的弟子，他到燕京後，“學子從者百餘人”，許衡、郝經、劉因等都成了他的門徒。儒生們對蒙古統治者的影響是空前的。
在治理國家方面，窩闊台採取了一系列超越他先人們的措施。他制訂了賦稅法，從這個稅法的內容看，會從中體會到它的進步性。稅法中規定，蒙古族中有馬牛羊一百者，可抽一隻；每一群羊中抽一隻兩歲羯羊作為湯羊；每千戶須出騾馬、馬夫和擠奶人，備諸王、那顏聚會時用。用這種制度來進行規範，避免了很多內部矛盾的出現。
另外，窩闊台還命察乃、畏吾兒台二人到驗川勒地方，鑿井取水，以遷牧民前去居住；並設置倉庫，儲備金帛器械，應付對外戰爭的需要。窩闊台所以實施這些措施，原因是成吉思汗艱難創立國家，如今可讓百姓安定生活，勿再辛苦。
窩闊台還建立起了驛站制度。規定各千戶須自備人和馬，每隔5程設1站，人員20名，以供來往使臣使用，蓋以通達邊情，布宣號令。和林至漢地設37站，敦煌至玉門關有驛站相連，可通往西域。同時鼓勵商旅到漠北經商，在價格方面給予優惠。1236年初又開始印製貨幣，供商品流通使用。
窩闊台的一切措施都說明他在向一個封建帝王轉換。他要建立一個封建的超級帝國。作為帝國的中心，哈拉和林走向了歷史的舞台。窩闊台選擇的這個地點是具有歷史意義的，因為正是在鄂爾渾河上游地區，古代突厥-蒙古人的大多數帝國，從古代的匈奴到中世紀初期的東突厥，都在此建都。