3月14日，應桂馨致洪述祖電：“梁山匪魁（指宋教仁），四出擾亂，危險實甚，已發緊急命令，設法剿捕之，轉呈候示。”
3月18日，洪復應電：“寒電立即照辦。”次日又電：“事速照行。”
3月21日凌晨2時，武士英刺殺宋教仁後不到4小時，應致洪述祖電：“24分鐘所發急令已達，請先呈報。”同日又電：“號電諒急，匪魁已滅，我軍無一傷亡堪慰，望轉呈。”
3月23日，洪述祖致應函：“兩電悉，不再另復。鄙人於4月7日到滬。”
這些函電被外國報刊公布後，全國各大中文報紙轉載，陳其美、居正等國黨民等要員，要求英國領使館將這些證據交給他們。而北京袁世凱電令江蘇都督程全德索回這些證據以備查清案件，奇+shu$網收集整理還事件本來之面目。
英國領使館對此次“證據門事件”大為光火。英國方面並沒有打算把證據公布，而是準備與袁世凱換點東西的，現在事情全給那些記者攪黃了。
應桂馨、武士英二犯落網後，以及大量證據材料的出現，讓袁世凱惶恐萬狀。他密電程德全說：“連接南方私人來電，宋案牽涉洪述祖，是否確實，究何情節，宜速查復，以為憑核。”
接著，他致電催促程德全報告證據，以謀對付辦法。他的機要秘書張一麟也多次密電程德全，要他把牽涉中央的證據向英廳索取，派人送京，並特別叮嚀說：“可不作正式報告。”
鑑於外界的強大輿論以及中國的政府的要求，上海公共租界會審公堂先後將應桂馨、武士英二犯解交上海地方當局。又將兇器五響手槍1支，密電碼3本，封存的函電證據5包，皮箱1個移交上海地方當局。這些罪證都由程德全、應德閎同上海地方檢察廳長陳英檢查驗收。經過整理後，將有關緊要各證據共同蓋印，並拍照片。
目前，“宋案”的證據中，不管是人證，還是物證，都全部指向內閣總理趙秉鈞，而趙秉鈞又是袁世凱的心腹。國民黨內部對該案的處理分處兩派，一派主張通過法律途徑解決，另一派主張通過武力解決。
在日本考察的孫中山得知宋教仁遇刺後立即夠船票趕回國內，後來接國內來電稱宋教仁無事，便暫緩行程將日本考察的諸事料理完畢後才回到國內。回國後針對此事的處理，孫中山主張以法律手段加以解決。
宋教仁權衡再三次，決定通過法律手段解決。
上海地方當局傳票趙秉鈞到案接受質詢，可是趙秉鈞卻遲遲不到。宋教仁親自致電袁世凱，要求讓趙秉鈞到上海。袁世凱也行動了起來，公開發出手令敦促趙秉鈞南下。趙秉鈞以年老體弱、身體有病辭去內閣總理，同時回到了天津休養。
因為趙秉鈞不到案，迫使“宋案”的審理工作無限期擱置。國民黨黨人為此極為不滿，對袁世凱展開了更加猛烈的輿論抨擊。一些國民黨人更是倡議國會自行召集，先開預備會議於上海，再舉行成立會於南京，以此保證立法機關的安全，預防北京的干涉，使議員可以自由議定憲法，選舉總統。