經過了一系列的性價比較後，楊洪森決定把它們投入到江西戰事，拿下江西立即開採鎢砂劃成人民幣，造出更多的核彈。
楊洪森利用了南京反擊戰的局面勝利，加緊了對內清洗，甚至製造出了一個“黃誠間諜案”。
針對國民黨的清算，革命軍事委員會雖成立了法庭，按照組織程序處理，但是更多的同志都是私下被解決了，大批的國民黨人向外逃亡，其中有一部分人逃到了北方，投靠了北洋政府。由於黃誠拒絕加入“中華革命黨”，所以這位來自湖北革命家被打上了反派，後經宋教仁的努力，得到了楊洪森的特別赦免，其調至安慶××小學擔任校長。
黃誠此後之所以被捲入“間諜案”中，概因他在給北方朋友回信時對目前根據地內的“政治運動”提出了異議，對孫中山另行組建“中華革命黨”做了一些批評。黃誠平時就有“人民群眾”盯著他，他與北方朋友來往的信件暴光後，涉及到了時下很多敏感的政治問題，其中還涉及到一些軍事情報，社會部收到檢舉後立即進行了調查。
文人受到排擠時他們總喜歡談談時弊來發泄不滿，而這些話自然就在成為了他們反革命、反三民主義、反對孫中山的最有利、最直接的證據。
調查黃誠案的過程，調查人員發現其來往信件中涉及一些軍事報告，調查人員隨即對軍事泄密進行調查，導致現任軍政府部分人員以及一些預備軍官牽連其中。
軍隊不能亂，這是楊洪森一開定下的大基調。
不過在“黃誠間諜案”發生後，大清洗開始擴大化，清洗對象不再僅限於右派連左派也有所牽連，甚至這把火都燒到了“社會人民黨”身份，這樣的勢頭非常的不好，如此大規模的清洗，年輕的“社會人民黨”是經受不起的。所以在政治協商大會上，楊洪森指出，“此次運輸的目的為是純潔革命隊伍，增加革命的凝聚力。我們的宗旨應以懲前毖後，治病救人為原則……，……，很多同志的本質上是好的，作為堅定的革命者，我們應當幫助他們認識錯誤，而不應當粗暴地拉綱上線，統統的打倒……，……。”
根據楊洪森在政治協商大會的重要講話精神，革命軍事委員會下發特××號批示，對“黃誠間諜案”發出了建議函。
“特別法庭”根據革命軍事委員會建議，對首犯黃誠終審判決死刑，對其它涉案的326人分別給予了減輕和減免處罰。