第一階段的“清洗”在楊洪森的行政性干預下暫時劃上了一個句號。
不過這個時候在日本的孫中山對國內的“清洗”運動大為讚賞，對楊洪森在政治運動分寸的正確把握上給予了高度評價，並根據國內的“清洗”中的鬥爭經驗加以總結，在日本機關大會上提出了“兩個加強，即加強三民主義的理由學習，加強三民主義與革命活動相結合。”
會上孫中山點了楊洪森的名字，稱其為“有著堅定信仰的革命家”。
這位被孫中山最親密革命戰友，在得到如此高度的評價後，步子放的更快，膽子放的更大了，國民黨在安徽、江西先後被查封。在“中華革命黨”支部未成形，國民黨支部處於癱瘓之機，“社會人民黨”卻在蓬勃的發展。
楊洪森的這種擴張搞的太明顯，在北方的袁世凱都看的很清楚，何況是身處在風暴中心的宋教仁。
袁世凱是個野心家，楊洪森則是陰謀家。
國民黨分崩離析的局面就是他一手製造出來的，不了解國內情況的孫中山卻將“中華革命黨”在國內的各項工作交由楊洪森負責，而這一期間國內支部建設緩慢，漸漸的它們開始淪為了“社會人民黨”的附屬黨派。楊洪森不是在幫助孫中山確立領導權，而且在為自己建立威信，搶孫中山的班，奪孫中山的權，顛覆孫中山的領導，作為孫中山的親密戰友，宋教仁絕對不能讓楊洪森的陰謀得逞。
可是在目前的革命環境下宋教仁選擇了妥協，默認了楊洪森的種種行為，但是他也做了一些積極的事情，比如說改組國民黨，國民黨的確存在著很多的問題，而楊洪森正利用了這些問題，國民黨必須重新確立孫中山的領導核心地方，明確“三民主義”，對於部分黨員該開除的要堅決開除。楊洪森對宋教仁的改組活動不但不在意，反而以一位偉大革命家的胸懷給予了幫助。
宋教仁是不會被楊洪森的那張面具所迷惑的，在他看來楊洪森之所以如此，不過是在等時機罷了。楊洪森經常把自己形容成一名普通的“三民主義”的實踐者，事實上到目前為止他的一系列“三民主義”實踐是成功的。孫中山提出理論，楊洪森不但完善他的理論，而且還成功實踐了這一理論。所以，他面為了一個比偉大領袖還要偉大的存在。
宋教仁不是對楊洪森有什麼成見，只是他無法了解這個人。楊洪森是一個革命者，至少目前是這樣，以後會如何他不知道。所以他寧可向孫中山做出妥協，也不會把未來交給一個不知道的人。可是未來楊洪森他知道。要知道不管這世界怎麼改變，有些事情是不會變的。慘酷的未來告訴楊洪森，主動權一定要握在自己手中，人民幣一定要存在自己卡上。