年，德川家康拥立后水尾天皇，表示幕府拥有干预皇室的权利。1613年，幕府颁布《公家众法度》，规定天皇及朝廷贵族以学问为第一要事。1615年幕府再次颁布《禁中并公家诸法度》，进一步限制天皇及公卿贵族的权力，例如规定武家官位须由幕府任命，防止大名与朝廷勾结。朝廷与幕府之间专设联络机构，并禁止天皇出访，朝廷的领地也只有10万石。1620年，第二代将军秀忠将其女嫁给天皇。1627年幕府借口大德寺、妙心寺违犯法规，处分其主持，并剥夺天皇赐给的象征最高荣誉的紫衣。1629年秀忠立其外孙女为明正天皇，成为时隔奈良时代称德天皇859年的又一名女天皇。
德川幕府将整个社会划分为士、农、工、商四个等级。士即武士，是统治阶级，连其家属约占全国总人口的10%。其中又分为上自将军、大名、家臣，下至散居乡村的乡士和失去俸禄的浪人等20多个等级。尽管地位各有不同，但都有氏姓带刀和无故斩杀平民百姓的特权；农是农民，他们被禁锢在土地上，交纳沉重的苛捐杂税。由于农业是当时最重要的经济基础，所以幕府十分重视对农村的统治，先后制定了许多有关法令，例如规定禁止农民出卖土地、禁止迁移、禁止过度分家、禁止过奢侈生活、禁止自由种植农作物等，并在农村实施“五人组”连座制度；工是手工业者，商是商人，他们均居住在城下町中，因而被称为町人。除上述四个等级之外，还有少数被称为“秽多”、“非人”的贱民，他们的住处、职业、婚姻均受到严格限制。
最初幕府为对外贸易而默认天主教在日本的传播，但天主教的人人平等教义与幕府身份等级制存在矛盾，而且离心倾向较强的西部大名多信仰天主教，同时西方人传教多与殖民活动相连，因而幕府在1612年禁止直辖领地上的传教活动。1613年幕府强迫天主教徒改变其信仰，1622年对长崎的传教士、信徒处以酷刑。1637年岛原、天草农民及浪人武士为反抗大名的剥削而起义，其中多为天主教信徒。幕府派重兵加以镇压，其后实施“踏绘”制，即踩踏圣像以表示其不是信徒，否则将予以严惩。与此同时，由寺院提供证明其信仰的“寺请证文”，后来所有人员均须在寺院登记，形成被称为“寺请”的户籍制度。德川幕府成立之初，许可各藩大名以及私人进行海外贸易，但需要具有幕府颁发的许可书——“朱印状”。但随着禁教的实施，以及幕府垄断对外贸易，因而到1635年，全面禁止日本人到海外，已在海外的日本人也不准回国。1639年禁止葡萄牙人来日，1641年将荷兰人集中到长崎的出岛上，形成“锁国体制”。尽管德川时代未能与中国大陆政权恢复邦交关系，但仍通过四个窗口与其他地区或国家进行频繁的交往，即通过长崎的荷兰商人及中国民间商人进行对外贸易、通过对马藩与朝鲜进行外交往来与贸易、通过萨摩藩与琉球进行人员往来和商品贸易、通过松前藩与北海道的虾夷族进行交往。在长崎的荷兰除向幕府提供有关海外事情的“荷兰风见书”外，还要每年组成一百多人的队伍前往江户参拜将军；虽然1609年与朝鲜签订《已酉条约》以及贸易是由对马藩进行的，但朝鲜通常在新将军即位时派使节前往江户祝贺。从1607年到1811年，前后共派出12次使节团，前三次称“回答兼刷还使”，即对日本国书的回应，同时带回丰臣侵略朝鲜时被掠到日本的朝鲜人，其后称“通信使”。但因团员较多，费用负担过重，逐渐减少次数，而且最后一次仅到达对马藩；琉球王国在向中国大陆政权清朝进贡外，还在新幕府将军即位或新琉球王即位时向江户派遣“庆贺使”或“谢恩使”，在德川时代，前后派出21次。通过这些形式，构成了日本型的“华夷秩序”。