安布雷拉公司躲在了地下基地，继续着T病毒的研究。艾丽斯率领着她的克隆大军来到了日本地下总部，迅速占领了基地。
可惜，总部指挥官威斯克坐着他的飞机，跑掉了，并且启动了基地自爆装置。
整个总部被毁掉了电影的这个片段非常壮观。威斯克开着飞机离开了日本。
这时艾丽斯从飞机的后面出现了手拿一把冲锋枪静悄悄地走到了威斯克的后面。接近威斯克的时候快步上去用枪指着威斯克的脑袋说道“还有什么遗言”威斯克镇定地停了2秒钟突然迅速地回身用针管插进了艾丽斯的脖子。
被注射了免疫血清的艾丽斯浑身无力的倒下了。原来安布雷拉公司已经研究出更好的变异体威斯克，艾丽斯对他们来说已经失去了价值。
威斯克掏出沙鹰手枪，指着艾丽斯说道“还有什么遗言。”艾丽斯抬头时看到了前方有座山立刻回答道“等等。”
艾丽斯继续说“谢谢。”威斯克反问道“因为我杀了你吗”
艾丽斯缓缓地说道，“因为你又让我做回了人类。”这时，飞机发出警报“拉升，注意地形。”
此时的威斯克想赶回去控制方向盘已经来不及了，飞机撞上了山体。
艾丽斯没有死掉，走出了飞机残骸。艾丽斯恢复后找到一架飞机，并在空中寻找其他幸存者。
找了很多天，发现一个海岸边有很多飞机。艾丽斯在此着陆，发现了失去记忆的卡莱尔。
之后艾丽斯继续带着克莱尔寻找其他幸存者。一天终于在一个废旧的监狱楼顶发现了幸存者。
通过幸存者的帮助艾丽斯惊险的在楼顶迫降。幸存者告诉艾丽斯找寻已久的阿克迪亚就在你远处的海洋上。
在监狱里发现了卡莱尔的哥哥克里斯，新的变异体在地底打洞进入了监狱，与此同时监狱外的丧尸也在疯狂的撞击大门。
无路可走的他们，只能从地洞通往海岸，只有艾丽斯和克里斯兄妹上了阿克迪亚。
上了船之后卡莱尔的记忆渐渐恢复，克莱尔找到了幸存者，原来幸存者都是被骗来给安布雷拉公司做实验的。
克里斯兄妹和艾丽斯找到了威斯克，并成功的干掉了威斯克。
死后的威斯克由于T病毒的影响得到了重生，再次登上了离开船的飞机。
威斯克再次引爆船上的自爆系统，俗话说一个人不会在一个地方栽两次跟头。
艾丽斯早已把自爆炸弹放到了飞机上，这次，威斯克终于化为了灰烬……
为了利益最大化，赵辰决定在剧情开始之初，就将目标放在安布雷拉公司身上，并且还要派人去浣熊市的蜂巢。
火焰皇后和t病毒的病毒和血清都是这次行动的目标。