在湘军的后路粮台做了三个月的协理之后，胡林翼便将总理一职交给了他。不久，又趁着前线一次胜仗的机会，在奏章里大为表彰阎敬铭调度粮饷的功劳，将他保举为员外郎。有如此投缘相契、知人善任的上司，有如此足以让自己施展才干的空间，真是人生的幸运！阎敬铭庆幸自己遭逢了难得的好机遇。他竭尽才智，调遣各路粮饷，尽量保障前方源源不断的供给。他忠于职守、廉洁奉公，手头过千万两银子，却两袖清风，一尘不染。胡林翼敬重阎敬铭的德才兼备，与他推心置腹，两人成为肝胆相照的挚友。随着胡林翼的不断保举，阎敬铭从员外郎升为道员。
咸丰十年底，曾国荃围攻安庆。到了紧急关头，胡林翼亲率部队移营太湖协助。太平军趁着武昌空虚之际，欲解安庆之危，施行围魏救赵之计。李秀成、陈玉成率领二十万人马，沿长江南
北兵分两路向西进军。北岸陈玉成兵行迅速，由英山进湖北，长驱直入，夺取孝感、黄陂，兵锋直指武汉三镇。武昌城里既无主帅，又无兵马，一时间惊惶失措，乱成一团。各大衙门大门紧闭，官员纷纷外逃，湘军后路粮台的人员，也几乎逃亡一空。惟有阎敬铭临危不乱，坚守粮台，将一根麻绳置于案头，心里作好准备：若太平军攻人粮台，则悬梁自尽。后来，因为种种原因，南岸李秀成的部队并没有按原计划进行，陈玉成也便放弃了进入武汉的打算。武昌城的各大衙门虚惊一场。当那些逃走的粮台官员又重新回来办事的时候，面对着阎敬铭，真是又敬服又羞惭。胡林翼为此特地上疏朝廷，称赞阎敬铭理财既为湖北第一，操守血性更是并世难得，宜堪大用，请擢升为湖北按察使。那时胡林翼乃朝廷南天柱石，咸丰帝依畀甚深，于是谕旨下达：阎敬铭补授湖北臬司。
来到湖北不到两年，便从一个微不足道的小京官，升到负责一省的司法大吏，并让皇上和各省都知道自己是一个济世干才，阎敬铭怎能不欣慰万分！而之所以有这一切，完全是因为胡林翼的赏识、重用和提拔。他心里对胡林翼有说不尽的感激和崇敬。他要倾尽全力襄助胡林翼，完成底定江南、中兴天下的大业。
不料，胡林翼因劳累过度，肺病大作，终于不起，年未五十而撒手人寰。阎敬铭伤痛不已。他既为自己顿折良师益友而伤心，更为国家顿失擎天梁柱而痛心。继任的巡抚严树森萧规曹随，一本胡林翼的成法治理湖北，支援东征湘军，并更为仰仗阎敬铭。不久，阎敬铭署理湖北布政使。
第二年，阎敬铭署理山东巡抚。同治三年，实授鲁抚。那时，山东正是朝廷与捻军交战的重要战场，阎敬铭名为巡抚，实为带兵的将领。他昼夜在军营操劳，早年的风湿病复发。同治六年，年仅四十八岁的阎敬铭便辞去巡抚，回原籍朝邑养病。同洽八年复出，只做了两个月的工部侍郎，便又辞职回乡。之后，朝廷多次命他出山，他均以病未痊愈为托辞不应诏。