作为造反者，倭寇之扰民当然也是事实，但倭寇本是当地之贫民，劫官府、富户有之，扰民并不烈。从当时的一些记载来看，不少镇压倭寇的官兵扰民更甚，而倭寇在沿海地区的普通老百姓中却拥有广泛的支持。万表（都督同知）《海寇议》等记述：当地百姓“明知海贼，任其堆货，且为之打点护送，如铜钱用以铸铳，铅以为弹，硝以为火药，铁以制刀枪，皮以制甲，及布帛、丝棉、油麻等物，大船装送，关津略不盘讯，明送资贼，继以酒米”；“近地人民或馈时鲜，或馈酒米，或献子女，络绎不绝”；“滨海顽民每见官兵动静则星火徒报，官府密令哨探则推避不从。宁杀可爱之身而不忍背不可附之贼。”；“兵入其地，询贼情形，问找道路，悉为所误”。
这可几乎是要“军队和老百姓，咱们是一家人”了，和我们想像中烧杀抢掠的倭寇印象可差得太远了。倭寇之本意在通商，倭寇首领王直的口号是：“要挟官府，开港通市”，他在给朝廷的《自明疏》说：“窃臣觅利商海，卖货浙、福，与人同利，为国捍边，绝无勾引党贼侵扰事，此天地神人所共知者。夫何反罹籍没家产，臣心实有不甘”。通商之利巨，而通商需要稳定的环境，即使为了自己的利益，倭寇也不可能如流寇那样劫掠无忌。
而且应该说倭寇还是一次有进步意义的历史事件。虽然动乱总会带来破坏，但倭寇是对海禁的反抗，是闭关自守的中国为争取开放，争取走向商业社会，走向海洋，走向世界的少有的一次抗争，是中国资本主义萌芽自发的一次表现，其积极意义绝非一般的农民起义可比。
那是一个屠杀“天才”的时代。天才的商人和经营家汪直被逼得“转商为寇”、人头落地，天才的战将戚继光在郁郁不得志中死去，天才的海洋战略家胡宗宪在狱中惨死，天才的改革家张居正死后被抄家灭门。然而，最凄凉的还是天才的绍兴文人徐文长，这个曾被胡宗宪独具慧眼看中的胡府幕僚，虽曾“自负才略，好奇计，谈兵多中，视一世士无可当意者”。徐文长后来疯了，袁宏道的〈徐文长传〉称，晚年的徐文长有时用斧子砍破自己的头，“血流被面，头骨皆折，揉之有声”，有时用“利锥锥其双耳，深入寸余，竟不得死。”在麻木和懦弱一手遮天的年代里，所有清醒和理智的人只有两个选择：要么像王直、胡宗宪、张居正一样知其不可而为之，最终被同胞们陷害；要么像徐文长一样先是佯狂愤世，最终疯狂自毁。