明朝开国皇帝朱元璋把“申禁人民无得出海与外国互市”定为国策。朝廷则实行一种非常可笑的朝贡贸易的形式：中国是“中央之国”，周边各国都是藩属，藩属国要接受中国皇帝的承认与册封，要派遣使节到中国觐见皇帝，呈献贡品，并且接受皇帝的赏赐（回赐）。名为朝贡与回赐，其实就是贸易，因此叫朝贡贸易。当然在朝贡中也附带进行一些商人间的贸易，但规模很小，仅局限在市舶司，而且朝贡毕竟不是经常性的。而即使是如此小规模的贸易，到嘉靖二年也被禁止了。由于日本人内部为了争夺朝贡贸易的特权，在宁波港发生械斗。明朝政府以此为借口，关闭市舶司，中止了所有朝贡贸易。但贸易是客观存在的需求，禁是禁不了的，于是国家海禁，民间必然走私。
海禁与走私是对立面，海禁要用武力，走私就要武力保护，对立必然导致军事的对抗，到了一定程度就会爆发成大规模大范围的动乱，甚至是造反，于是就有了倭寇之乱。刑部主事唐枢写给浙闽总督胡宗宪的信中说：“商道不通，商人失其生理，于是转而为盗”。领导戚继光、俞大猷主持浙江抗倭的谭纶说：“诸货皆一切禁罢，则有无何所于通，衣食何所从出？如之何不相率而勾引为盗也”，明确的道出了倭寇之因。
而谢杰（右副都御史）在《虔台倭纂》中则说得更为透彻：所谓倭寇“皆潮人、漳人、宁绍人主之也……漳潮以番舶为利，宁绍及浙沿海以市商灶户为利，初皆不为盗……抚设而盗愈不已，何也?寇与商同是人，市通则寇转为商，市禁则商转为寇；始之禁禁商，后之禁禁寇，禁愈严而寇愈盛……于是海滨人人皆贼，有诛之不可胜诛者”。
如此说来所谓倭寇之乱其实也是官逼民反，其性质和历史上的农民起义并没有什么两样,至少它是中国的内部动乱问题。虽然其中有少数日本人，但那是被中国人雇佣的，与日本侵略或者日本海盗是搭不上边的。其实当时人对此是清楚的：“官兵利于斩倭而得重赏，明知中国人，而称倭夷，以讹传讹，皆曰倭夷，而不知实中国人也”。即使是官方的《明史─日本传》也说倭寇中日本人只占十之三，而当时人的著作中的说法是“倭奴直十分之二或十分之一”，而实际可能更少。汪直等人是作海上贸易的，与日本联系密切，于是从日本雇佣了，其实也可以说是骗了一些人来当兵，“华人狡，善骗夷”，日本人在倭寇中的地位其实很低。而地方政府和官兵为推卸败之责，夸大胜之功，“明知中国人，而称倭夷”。在当时是掩耳盗铃，到后来就成了“以讹传讹”，于是明明是中国人自己的动乱造反就成了“倭寇”，就座实成为日本海盗了。