第二次世界大战爆发后，哈里斯（时为空军少将）任第五轰炸航空兵群司令，指挥10 个飞行中队的行动。哈里斯发现“汉普登斯”轰炸机能够携带水雪，并指挥实施轰炸机对德国海岸水域的空中布雷，而其它轰炸机部队随后也采取同样的行动，结果使德军759 艘舰船被水雷击沉或重创，而从事扫雷的德国海军人员的伤亡则多达40％。
1940 年春，第五轰炸航空兵群参加对德国工业中心实施的第一次空袭，并轰炸了法国和比利时的港口（德军在这些港口集中了大批准备入侵英国的舰船）。
1940 年底，哈里斯升任空军副参谋长。哈里斯在研究德国空军的轰作行动的基础上，根据“集中火力”的原则，确定“集中轰炸”为轰炸航空兵攻击德国工业城市的战术。此种战术的要旨是，皇家空军除保卫本土外，主要应大规模地使用重轰炸机攻击（如有可能的话，在白天实施攻击）德国的工业基地，使德军由于断绝军事物资供应而输掉地面战争。
但这种思想在1939 年就受到某种冲击。在白昼轰炸机很难生还，轰炸航空兵部队被迫在夜间执行任务。而1940 年至1941 年的实践证明，轰炸机无法准确地在夜间发现工厂、船坞和其它军事设施，更有甚者，在这段时间内，德国的防御得到加强，而英国轰炸机部队的损失却直线上升。轰炸航空兵部队受命放弃长途空袭。
1942 年2 月，哈里斯出任轰作航空兵司令之职，不久获得空军元帅军衔和爵士头衔。此时，轰炸航空兵正处于十字路口：是放弃通过战略轰作战胜敌人或使敌人丧失作战能力的梦想，还是解决发现目标的难题，恢复对德国必不可少的工业目标的“精确轰炸”？抑或是用对德国大都市的轰炸以使德国国民的意志崩溃，拒绝再战来代替对工业目标的轰炸？恰在这时，空军参谋部于2 月1 日发出一项著名的命令，命令轰炸航空兵恢复全面军事行动，目标是城市平民；命令还列出18 个城镇做为第一阶段的目标。哈里斯愉快地接受了这一命令，因为这符合他关于把轰炸航空兵重建为一支主力部队和利用战略轰炸战胜德国的思想。继轰炸德国一些小城市后，哈里斯组织著名的上干架轰炸机轰作科隆的战役，项军以损失40 架飞机的代价，给科隆以毁灭性打击。
1943 年，英国轰炸机装配有特殊的瞄准仪和名为“探险者”的地面目标扫描雷达装置。利用这些新装置，英国轰炸航空兵取得轰炸鲁尔区的成功。在4 个月的轰炸中，鲁尔的大部分地区成为废墟。接下来在英国空军白天空袭的配合下，英国轰炸航空兵又成功地进行汉堡轰炸战。