借著李純遇刺，楊洪森在蘇南進行大規模“肅正”，大規模進行抓逮，繞過南京高等法院，通過軍事委員會特別法庭，判決、槍斃的人員近六千人。對上海製造局招降失敗後，10月8日楊洪森調第3艦隊北上參戰，由於數名艦長抵制，楊洪森解除他們職務，升任何儒林暫代艦隊司令，第3艦隊到達上海後即對第2艦隊發起了進攻，第2艦隊多為老式巡洋艦和炮艇，雙方交戰中有3艘老式炮艦被擊沉，另有數艘兵船、巡邏艇被擊沉，十數艘艦船受傷，戰後第2艦隊併入第3艦隊。第2艦隊一戰死亡3000人，接著第3艦隊開始炮轟上海製造局，經過一天激戰，在海軍的火力支援下，上官雲峰攻入製造局，駐守在這裡的兩個團北洋軍，報經軍事革命委員會研究討論，此次事件被定性為嚴重地武裝軍事叛亂軍，參加叛亂的分子一律槍決。
楊洪森襲取蘇南前後只用了10天，行動之迅速，殺伐之果敢，讓北洋將領們看清了楊洪森的真面孔。
北洋對楊洪森蘇南、上海兩地“肅正”沒有發表過多的言論。
接著楊洪森依據租界與政府簽訂的秘密協議，於10月10日調上海警備部隊一個團以及青年團進入租界對叛亂分子進行抓捕。上海“雙十肅正”，上海租界內到處都能看到被槍決的“叛亂”分子
活動中最為猖獗的當屬“少年先鋒團”，這些14、15歲的少年，殺起人來最狠，他們身著土黃色長褲和襯衫，左臂上帶著紅色黃十字帶，每個都配有一把八響左輪，不管男女只按名單殺，他們的兇殘連工董局都不敢過問。在租界的整個行動共持續15天，共抓捕，槍殺2000餘人，其中包括逃入租界的北洋軍人、密探、支持者、代理人以及革命叛徒、右翼分子等。
楊洪森將這一系列行動表述為：“這是恢復國家秩序前所必經的陣痛。”
袁世凱對於楊洪森肅清蘇南、上海的“國家敵人”表示感謝，雖然這種感謝言不由衷，但雙方繼續著表面的和平，楊洪森繼續奉其為中國唯一的領袖，同時將五省上繳稅款中的第一筆800萬匯入了財政部在滙豐銀行的帳號中，袁世凱對此很滿意。
對於楊洪森只要其擁護中央，按時交上指定的稅賦這就足夠，若要他做出大的讓步是根本可能的，一味的強求只會導致戰爭，而袁世凱現在最擔心就打仗。
隨著蘇南、上海的平定，楊洪森將大本營由合肥遷至“六朝古都”南京。袁世凱聽說此事後大為高興，楊洪森一直待在合肥讓他感覺其隨時準備殺入中原與他爭天下，而南京那可是個地方好，離上海又近，功成名就之後，理當好好享受享受。
當孫中山邀請其加入“反袁”陣營時楊洪森再次予以回絕，他現在還沒有打算與袁世凱翻臉。
1914年11日楊洪森開始對五省土地改革情況進行摸底。同時，將工作的重點由農業轉向經濟發展。在兼顧鋼鐵，製造業的同時，大力發展紡織、麵粉、火柴三大產業。