从《三国志·魏志·倭人传》记载的方位来看，邪马台国应在九州岛的北部地区，但从其记载的距离来看，则应在近畿地区，因而学术界围绕邪马台国的地理位置至今依然争论不休。另外，由于缺乏文字记载以及考古资料，邪马台国最终结果如何以及其与后来近畿出现的大和国具有何种关系，仍有许多不解之迷。
二、 大和政权
由于没有文字记录，因而三世纪后半期和整个四世纪日本列岛的真实状况不得而知，但大量考古发掘表明，至少从公元三世纪后半期开始，以大和（今奈良县）为中心的畿内地区出现一个较大的国家，史称倭国或大和政权，因为此时出现了许多象征权威的巨大前方后圆陵墓。从四世纪开始，这种古坟从畿内地区遍及列岛中部以西各地，显示至少在西日本地区已经出现了统一的政治联合体。
从公元三世纪末到七世纪初，规模较大的坟墓在日本列岛到处可见，因而在日本历史上被称为古坟时代。但从古坟的形式和规模上看，可分早、中、晚三个时期。在从三世纪末到四世纪的早期古坟时代，古坟的形状为前方后圆形或圆形、方形等，其中最大的古坟为奈良县箸墓古坟，长达280米，随葬品多为铜镜、玉石、铁制农具等；从四世纪中期到整个五世纪，为中期古坟时代，日本列岛大部分地区出现巨大的前方后圆坟，其中最大的古坟为大阪府的仁德天皇陵（亦称大山陵古坟），长486米，后面的圆部直径249米，高35米，前面方部宽306米，高33米，三重濠沟，其面积甚至超过埃及的金字塔或中国的秦始皇陵，需要2000人连续劳动16年方可造成。由此可见，大和政权此时已经控制了西至九州、东至关东地区的广大地区。另一方面，巨大古坟中的随葬品多为骑马用具和骑马作战用的武器，反映了大和政权为获得先进的生产技术和铁制工具而积极插手朝鲜半岛事务，并常常参与高句丽、新罗、百济三个朝鲜半岛国家之间的战争，结果使大和政权的军队学会了骑马作战，并将战马及其武器作为战利品带回国内。朝鲜以及中国的有关史料记载了大和政权派军队参与朝鲜半岛上发生的战争以及日本列岛的统一过程，例如高句丽王国的《广开土王（好太王）碑》上有“倭以辛卯（391）年来，渡海破百残”的字样。中国史书《宋书·蛮夷传》也有这样的记载：顺帝升明二年（478），倭王武遣使上表，声称“封国偏远，作藩于外，自昔祖祢，躬擐甲胄，不遑宁处。东征毛人五十五国，西征众夷六十六国，渡平海北九十五国。王道融泰，廓土遐畿。”六世纪至七世纪为古坟时代晚期，出现各种形式的坟群，以其规模表示身份等级的前方后圆坟消失，一般认为这与儒学及佛教传入而带来的新统治理念有关。例如在七世纪初，圣德太子实施颁布的十七条宪法、制定冠位十二阶等改革措施。