在稳定全国统治的基础上，地方机构也陆续健全。除在各国设守护外，还专门在镰仓设“镰仓府”，其长官“镰仓公方”由第二代将军足利义诠之弟足利基氏及其子孙世袭，管辖关东10国。辅助镰仓公方的管领称“关东管领”，由上杉家族世袭。镰仓府下设机构与幕府机构相同，有政所、侍所、问注所、评定众等，俗称“第二幕府”。另外，幕府分别在九州、东北东部、东北西部设九州探题、奥州探题和出羽探题，统辖那里的军事与民政。无论是守护，还是探题，均由足利家族成员或将军的亲信担任。近畿地区及其附近的守护大多在京都幕府机构任职，因而多由“守护代”对其国进行治理。
室町幕府的财政结构特征是取自流通领域的税收比例增加，反映了货币经济发展的状况。将军的直辖地称为“御料所”，大多为足利家族的旧领地以及南北朝动乱时期得到的领地，但规模不大，分散在全国各地，大约有200所。直辖地大多由奉公众管理，上缴部分税收给“政所”；除守护以各种名目征收的赋税外，建造宫殿或者皇位继承时征收临时货币赋税，如按“段”征收的土地税——“段钱”，按“间”征收的房屋税，称“栋别钱”；另外还有对仓库业者和金融业者征收的“（土）仓役”，对酒店、高利贷者征收“酒屋役”，在通往京都的主要道路设“关所”，征收“关钱”，征收的港口使用费称为“津料”，对明贸易征收一成的税，称为“抽分钱”。
因镰仓末期与南北朝时期的社会混乱，西南沿海地区许多生活没有着落的武士和农民组成武装集团，侵扰中国大陆和朝鲜半岛，掠夺财富，转卖人口，这些海盗史称“倭寇”。1368年中国大陆明朝成立，因邦交和倭寇问题派使节赴日交涉，但当时正值南北朝时期，地处九州的南朝地方政权态度较为消极。南北朝统一后的1401年，足利义满派使节赴明朝，约定以属国的名义进行朝贡贸易。1406年双方签定协议，规定“十年一贡，人止二百，船止两艘，不得携军器，违者以寇论”。当年明成祖派使赴日，带去永乐年号的勘合一百道，并赐足利义满“日本国王”金印一枚。1408年义满去世后，义持反对向明称臣，中断贸易。1248年足利义教任将军后，迫于财政上的困难，通过琉球国王的斡旋，再开勘合贸易。1404年到1547年，共派遣17次贸易船，因在中国大陆的逗留费、搬运费均由明朝承担，因而日本获利甚大。日本向明朝出口铜、硫磺、刀剑等，进口生丝、铜钱以及瓷器等。16世纪中期以后，日本国内战事频繁，勘合贸易终止。
年，朝鲜半岛成立李氏王朝，并派使节到日本要求禁止倭寇，恢复邦交。1404年两国恢复了终止600多年的邦交，朝鲜开设三个港口允许日本商人从事两国贸易。日本除向朝鲜出口铜、硫磺外，还有东南亚地区出产的胡椒、药材、香木等商品，从朝鲜半岛进口纺织品，其中棉制品为多。由此形成了以琉球为中心的东亚多角贸易圈，也就是东南亚、中国大陆、朝鲜半岛、日本列岛的商品多以琉球为中介不断得到交换与流通。