三、思想文化
在德川时代前期的思想界，儒学占统治地位，尤其是朱子学作为“官学”达到鼎盛。由于朱子学提倡维护封建等级秩序的“大义名分论”，因而在镰仓时代随禅宗传到日本时就受到统治阶级的欢迎，但当时及其后很长一段时间是与佛教混合在一起。战国时代末期，京都相国寺僧侣藤原惺窝热心儒学，并经常与各国大名交往，后来受到朝鲜学者姜沆的影响专心朱子学，同时逐渐脱离佛教的世界观，还俗后致力于朱子学的独立。京都建仁寺僧侣林罗山成为惺窝的学生后还俗，因未经许可讲授《论语》险遭迫害，后被惺窝推荐给德川家康。林罗山主张“世界万物均有上下名分，人间社会也是如此，君臣父子尊卑贵贱各有其位，不得混淆”，积极肯定身份制社会。以这种天命论、名分论为主要特征的朱子学对于否定战国时代“下可上”的行为、维护幕藩体制是极为合适的思想，因而林罗山深得德川家康将军的信任。不仅成为家康的政治顾问，而且其学问也得到发扬光大。三代将军家光建学塾，教育幕府士族子弟，林家世袭儒官。到五代将军纲吉时，建幕府最高学府昌平黉，并任林家三代孙风冈为大学头，林家的私塾成为官学，使朱子学在元禄、天保年间达到全盛期。被称为“京学”的这一流派著名人物还有木下顺庵、新井白石等。另外还有以土佐(今高知县)南村梅轩为中心的南学朱子学，这一流派倾向道学，主张儒神合一。
除朱子学外，同为儒学的还有阳明学和古学。被称为“近江圣人”的中江藤树及其学生熊泽蕃山最初研习朱子学，但逐渐对朱子学产生怀疑，于是将大陆明朝的王阳明学说介绍到日本。他们借用王阳明“知行合一”的观点，批判朱子学的“知先于行”思想，同时批判现实，主张个人的、省悟的儒学。中江藤树晚年放弃武士籍，从事教育。熊泽蕃山积极从事冈山藩政的建设，并在著作《大学或问》中批判幕政，受到禁闭的处分。会津藩、熊本藩的阳明学者也因其革新性而遭到镇压。阳明学到幕末时期的传人有大盐平八郎、吉田松阴等。这些人大多原也为朱子学者，但在研究过程中逐渐转而钻研阳明学。
古学派的多数学者原来也是朱子学的信徒，后来怀疑朱子学与孔子、孟子的原意多有不同，改而提倡古学，呼吁从孔孟的原著中去探索儒学的真意，同时他们也反对阳明学。例如山鹿素行在其《圣教要录》中认为朱子学以及阳明学均不是真正的孔孟精神，只有直接研究孔孟经典，才能恢复先秦儒学的本来面目，山鹿因此受到幕府流放的处分。另外在《中朝事实》中，山鹿素行认为，比起明清的“中华”来，日本是“中朝”；另一位古学派的创始人伊藤仁斋在京都开设私塾，依据《论语》、《孟子》等儒学经典，讲述经验性知识的重要。古学派成员还有荻生徂徕、太宰春台等人。荻生主张政治和道德分开，以科学态度治学，反对朱子学的空谈理性，坚持学习历史或“事实”；其弟子太宰更是关心政治经济，主张促进商品货币经济的发展。
除儒学外，“元禄文化”的重要含义是其文学艺术。元禄是五代将军纲吉的年号。在其前后一段时期，幕藩政治较为稳定，商品经济发展迅速，因而以富裕的大阪、东京町人为中心，形成了现实主义的市民文化。其特征是豪华、充满活力，而且此时的娱乐成为一种商业活动。其中松尾芭蕉的俳句不仅带有“幽玄闲寂”美学观点，而且其走遍日本寻求自然题材的写作方式也受到乡村民众的欢迎，例如其作品《奥州细道》等。井原西鹤创造了被称为“浮世草子”的写实小说，其作品《好色一代男》、《好色一代女》描写了市民阶层的性爱，《日本永代藏》形象地刻画了商人的行为准则及其赚钱术，《武道传来记》讲述了武士的仁义道德等。在艺术方面，德川时代初期的歌舞伎不仅演变成为融合舞蹈、音乐、戏剧、绘画的综合艺术，而且也发展成具有豪华舞台的固定演出艺术节目。以女性为题材的木板刻印浮世绘大量生产，一般市民也能购买，因而推动了这一艺术的流行。著名建筑方面有德川初期因茶道兴起而建的桂离宫庭园。