与此同时，在一些经济比较发达的地区，开始出现资本主义性质的家庭手工业或手工工场。例如在大阪附近的棉织业中心河内，出现了许多被称为“木棉寄屋”的农村商人，他们收购农村手工业者的棉纺织产品，然后转卖给大阪的棉布批发商。接下来，他们进一步通过“换棉”和“出机”的方式控制农村家庭手工业。所谓“换棉”是指商人供给棉花，农民在家里纺成纱或织成布，商人按成品数量支付酬金；所谓“出机”是指商人不仅提供生产原料，而且提供纺织机械，农民在家里织成布匹，按照成品获得酬金。再进一步，商人出资招募贫穷的农村妇女，集中在厂房中进行生产。此时的商人已变为资本家，生产者变为雇佣工人，从而形成了资本主义性质的手工工场。到幕府末期，这样的手工工场已有260多家，每个工场拥有六到十台织机。
在商品经济的推动下，商人、特别是金融高利贷商人的力量逐渐增强。到十九世纪中期，仅在大阪一地经营汇兑业务、资本金在20万两以上的钱庄就有50多家。这些金融商拥有巨额财富，不仅控制了幕藩财政，而且对整个社会也具有举足轻重的影响。仅是他们借给各地大名的款项就高达6000多万两，只是每年的利息就值300万石大米，而各地大名每年运往京都、大阪和江户的大米也不过400万石，以至形成“幕藩疲弊，权落商人”、“大阪富商一怒而天下诸候惊”的局面。
与上述新兴阶级逐渐强大的情景相反，传统的统治阶级与被统治阶级却趋于没落。首先是中小级武士在商品经济的影响下实际收入减少，幕府或大名为转嫁财政危机也不断削减他们的禄米，致使其生活日益窘迫，被迫转为诸如教师、医生、手工业者和小商贩，有的成为失去士籍的浪人，有的成为商人的养子，或者转化为从事工商业者。这些下级武士希望对幕藩体制进行变革，因而大多成为明治维新的骨干力量；农民则在沉重赋税的压迫下逐渐失去土地，成为一无所有的佃农，生活极为贫困，天灾人祸迫使农民不断起来反抗幕府的封建专制统治。据统计，在明治维新前的80年间共爆发了千余次农民起义，有力地打击了幕府的封建统治。尽管日本国内新型经济的发展及其阶级力量变化的状况尚未达到使传统生产关系崩溃的程度，但西方资本主义扩张势力的入侵却加快了社会变革的步伐。
二、 外来压力
与早期殖民扩张不同，进入19世纪以后，西方资本主义国家积极寻找国外市场和原料产地，以适应工业革命大规模兴起后的需求，而以中国和日本为中心的远东地区是其扩张的最后乃至最重要的目标。早在19世纪初期，英、俄、美等国不断派使节到日本，要求开港通商，均遭到德川幕府的拒绝。幕府甚至在1825年重申过去颁布的“驱逐令”，炮击靠近日本港口的外国船只。但是，中国在1840年鸦片战争中失败的结局迫使幕府放宽了对外国的政策。1853年7月，美国东印度舰队司令培理率四艘涂成黑色的军舰闯入东京湾，威逼幕府接受美国总统要求日本开国的亲笔信，并约定第二年春天给予回答。1854年2月，培理再次率七艘军舰到达日本，并与日本签订了《日美亲善条约》，规定日本开放下田和箱馆（函馆）两个港口，向美国舰船提供煤、水、食品及其他需用品，救护遇难船员，美国可在两个港口设领事馆，给予美国最惠国待遇等。随后英国和俄国又同日本签订了类似的条约，但在日俄条约中除增加了治外法权以及长崎为开港城市外，还规定了日俄两国在千岛群岛的边界。