新任将军德川庆喜并不甘心交出政权，立即率兵从大阪向京都进军。以萨摩藩和长州藩为主力的新政府军与幕府军在京都附近的鸟羽、伏见地区激战三天，结果数量占优势的幕府军被打败，德川庆喜从海路退奔江户。新政府组成东征军，进军关东地区，并迅速兵临江户城下。幕府知道没有取胜的可能，于是献城投降。在东北地区，以会津藩为首组成“奥羽越列藩同盟”，继续反对新政府。由于当地农民纷纷起义，新政府军进展顺利。1868年11月，东北地区的叛乱被评定。幕府海军将领夏本武扬率八艘军舰和幕府残兵逃至北海道，并在1869年1月建立“虾夷共和国”。同年6月，在新政府军的进攻下，夏本武扬投降。因1868年为农历戊辰年而被称为“戊辰战争”的内战结束。
四、 各项改革
年4月，新政府颁布了《五条誓文》，即施政纲领。其具体内容为：广兴会议，万机决于公论；上下一心，盛行经纶；公武同心，以至于庶民，须使各遂其志，人心不倦；破旧来之陋习，立基于天地之公道；求知识于世界，大振皇基。随后颁布《政体书》，仿效奈良时代实行太政官制，最高职位为太政官，下设立法、行政、司法机构，并规定了官员的任命及其职责。同年10月改年号为“明治”，11月改江户为“东京”，作为新首都，天皇及政府机构迁至东京。此后明治政府实施一系列改革措施，在巩固新政权的同时，推动资本主义经济的迅速发展。其措施主要有：
第一，建立中央集权式的政治体制。首先在1869年6月，明治政府强制实行“奉还版籍”政策，也就是命令各藩将领地和人民的统治权上交中央政府，旧藩主成为中央任命的藩知事，但必须执行中央的政策。两年之后，明治政府又宣布新措施“废藩置县”，将旧藩主迁住东京，坐食俸禄。将藩改为县制单位，最初共有3府302个县，后改为3府72县，1888年合并为3府42县。尽管各藩具有的债务负担以及建立中央集权体制以对抗西方列强的意识使废藩置县得以顺利进行，但中央政府也为此承担了相当于两年国家预算的债务；
第二，改革身份制度，废除封建俸禄。从1869年到1872年，政府连续颁布法令，废除传统时代的士、农、工、商身份制度，将过去的公卿诸候等贵族改称为“华族”，将藩主以下的武士改为“士族”，废除“秽多”、“非人”等贱民称呼，与过去的农、工、商统称为平民；准许武士从事工商业，平民也可以担任文武官职等；1873年颁布《征兵令》，年满20岁男性均有服兵役义务；另外，为减轻财政负担，政府逐步减少士族的俸禄，在1876年颁布《金禄公债条例》，由政府一次性发给士族“金禄公债”，从而废除了封建俸禄制度。为解决领取少量公债的一般士族生活困难问题，政府优先录用旧士族充任官吏、教师、军人、警察等公职，同时鼓励士族向地广人稀的北部地区或北海道移民，在内地各府县低价出售土地给士族等。尽管如此，遗留问题较多，成为后来士族叛乱的重要原因。