日本宣布无条件投降后，在8月17日组成以皇族东久迩稔彦为首相的内阁，处理结束战争事宜。尽管皇族内阁对解除军队武装、接受盟国进驻、签署投降书等方面起到稳定局势的作用，并在9月20日颁布了《波茨坦紧急敕令》，既不经过立法程序便可下达执行占领军总司令部发布的命令，但该内阁在逮捕、审判战犯以及开放政治、宗教自由方面与占领军产生冲突，因而在10月4日宣布总辞职。其后曾在案20年代积极推行协调外交的币原喜重郎继任首相，并接受麦克阿瑟的五大指令，即宪法的自由主义化及赋予妇女参政权、鼓励建立工会组织、改革教育制度、废除秘密警察、经济民主化等，从而开始了一系列非军事化、民主化的改革措施。
在军事方面，占领当局从1945年下半年开始陆续颁布指令，命令军队立即交械投降和迅速复员，废除大本营、参谋本部、陆军省、海军省等军事指导机构以及日本兵员法、国家总动员法等一系列军事法令，解散在乡军人会等准军事组织，禁止与军事有关的生产及科学研究，拆除战争工业设备并将其作为对盟国的赔偿等。
在政治方面，逮捕并审判战犯，从1946年5月到1948年11月，远东国际军事法庭对100多名甲级战犯进行了审判，并判处东条英机等7名战犯绞刑，判处其他18名战犯终身监禁和有期徒刑；解散军国主义团体，剥夺军国主义分子的公职。以“黑龙会”为首的140个军国主义团体被解散，20多万人被解除公职；废除军国主义治安法令，释放政治犯和思想犯。获得自由的政治犯、思想犯约有4000多人，其中包括德田秋一、宫本显治等日本共产党领导人；废除军国主义教育，实施政教分离。删除所有教材中的军国主义内容，禁止政府与神社发生任何关系；开放言论与新闻自由，开放工人运动，给予妇女政治权利等。
在经济方面，占领当局主要采取了两项改革措施，即“农地改革”与“解散财阀”。占领当局对日本政府提出的农地改革方案极为不满，因而提出自己的改革方案，即政府强制性购买不在村地主的全部土地和在村地主一公顷以上的土地，并优先出售给耕种这些土地的佃农。结果在两年的时间内，大约200万公顷的土地从地主手中转移到佃农手中，自耕农的比例也因此从改革前的30%上升到70%；1946年8月，占领当局指令日本政府成立控股公司清理委员会，通过解散控股公司、排除财阀家族对企业的控制、分散财阀企业的股票、排除经济力量过度集中等措施，对以十大财阀为中心的巨大家族企业进行分割经营，并禁止原有的财阀家族成员担任该企业的领导职务等。